Mombasa (anciennement en français Mombasse) est une ville portuaire du sud du Kenya sur l'océan Indien ; c'est le chef-lieu du comté de Mombasa. Elle se trouve à au sud-est de la capitale Nairobi.
Mombasa comprend la vieille ville, située sur une petite île de formée par la confluence de deux estuaires et dont la côte sud-est est bordée par l'océan. Cette île est flanquée d'une zone métropolitaine plus récente d'une superficie de plus de , qui s'est développée sur le continent. Cette nouvelle zone est reliée à Mvita par des ponts et des bacs.
En 2009, la population de Mvita est de et celle de l'agglomération est de ce qui en fait, après Nairobi, la deuxième agglomération du Kenya au regard de la population.
L'île de Mombasa est située entre deux estuaires (Port Reitz Creek, à l'ouest, et Tudor Creek, au nord et à l'est) qui la protègent des rigueurs de l'océan et forment une passe dans la barrière de corail, permettant la circulation des bateaux. L'eau y est suffisamment profonde pour autoriser l'amarrage de navires d'un tirant d'eau de alors qu'aucun des cours d'eau alimentant ces deux estuaires n'est adapté à la navigation commerciale.
vignette|alt=Carte des divisions administratives de Mombasa|Divisions administratives de Mombasa.
Il est d'usage courant, dans les guides touristiques et les agences de voyages, de qualifier de la partie du littoral située au sud de l'île de Mombasa, c'est-à-dire à partir de Likoni (soit moins d'un cinquième de la côte kényane), et de tout le reste à partir de Kisauni. Ces appellations, qui n'ont absolument rien d'officiel, datent de l'époque où Mombasa était le point de départ obligé pour tout voyageur voulant accéder à la côte kényane au départ de Nairobi. Bien que Malindi et Lamu soient maintenant directement accessibles au départ des deux aéroports de Nairobi, ces dénominations sont restées ancrées dans l'usage.
vignette|alt=Carte hydrographique et géologique de Mombasa|Hydrographie et géologie de Mombasa.