L'Inquisition médiévale est un tribunal ecclésiastique d'exception chargé de lutter contre les hérésies. Elle est introduite devant les tribunaux ecclésiastiques par le pape Innocent III en 1199 et atteint son apogée lors de la répression du catharisme, à la suite de quoi son activité décline, concurrencée par les juridictions nationales.
L'Inquisition se caractérise avant tout par la procédure à laquelle elle recourt : l’inquisitio, par laquelle le juge peut entamer une action d'office, par opposition à l’accusatio, dans laquelle le juge n'instruit un dossier qu'à la suite d'une accusation. Pour autant, l’inquisitio n'est pas réservée à l'hérésie : par exemple, les procès concluant à la nullité des mariages d'Henri VIII d'Angleterre relèvent tous de cette procédure.
L'Inquisition médiévale participe aujourd'hui d'une mauvaise .
Au , l'Inquisition médiévale disparaît et est remplacée par d'autres formes d'inquisition : l'Inquisition espagnole, l'Inquisition portugaise et l'Inquisition romaine, le Saint-Office.
thumb|left|190px|Conrad de Marbourg, le premier inquisiteur connu, détail d'un vitrail de l'église Sainte-Élisabeth, à Marbourg
L'Inquisition médiévale est introduite devant les tribunaux ecclésiastiques par le pape Innocent III en 1199. En février 1231, Grégoire IX publie la constitution Excommunicamus, qui prescrit la détention à vie pour les hérétiques repentis et la peine de mort pour les hérétiques obstinés. La même année, il confirme Conrad de Marbourg dans son rôle de commissaire pontifical en Rhénanie et l'autorise à recourir à la procédure inquisitoire. Cette nomination et l'établissement d'une institution judiciaire sont officialisés par la bulle Ille humani generis (), qui retire aux tribunaux ecclésiastiques la compétence contre les hérétiques lorsqu’un tribunal d'inquisition existe. La même année, une mission similaire à celle de Conrad est confiée à Robert le Bougre, qui met à profit son expérience d'ancien « parfait » cathare pour poursuivre ses anciens frères ; en 1235, il est nommé inquisiteur général du royaume de France.