Le bactérioplancton correspond aux bactéries composant le plancton dérivant ou se déplaçant activement dans la colonne d'eau (douce, saumâtre ou marine). Le bactérioplancton occupe une part des niches écologiques dans les systèmes aquatiques et joue un rôle important dans l'écologie microbienne et le cycle du carbone. Une part importante du bactérioplancton est saprophytes, c'est-à-dire composé de bactéries tirant leur énergie de la matière organique (nécromasse, excréments, excrétats essentiellement) produite par d’autres organismes. Beaucoup d’autres espèces du bactérioplancton sont autotrophes et obtiennent leur énergie par photosynthèse (alors classées dans le picophytoplancton) ou chimiosynthèse. Ces formes appartiennent au picophytoplancton et incluent les bactéries des genres Prochlorococcus et Synechococcus. Un groupe important est celui des cyanobactérie marine photosynthétique dont les Prochlorococcus (genre regroupant de nombreuses espèces de minuscules (0,6 μm en moyenne) cyanophycées, qui n'a été découvert qu'en 1986, dans la mer des Sargasses puis dans une grande partie des océans, jusqu'à 200 m de profondeur et dans les milieux les plus oligotrophes) à des densités de l'ordre de cellules par millilitre d'eau de mer. Ce pourrait être l'organisme le plus abondant sur Terre. Synechococcus est un autre genre, nanoplanctonique (1 micron environ), qui joue un rôle important dans les voies écologiques de la fixation d'azote et de nitrification, dénitrification, reminéralisation et méthanogènes. on la trouve fréquemment à des taux de à de cellules par millilitre d'eau de mer, voire localement jusqu'à environ 1 million de cellules par ml). Les cyanophycées peuvent aussi produire des toxines. Le bactérioplancton joue aussi un rôle dans des cycles écologiques et biogéochimiques comme la fixation de l’azote, la nitrification, la dénitrification, la méthanogenèse. Les communautés de bactéries qui composent le bacrérioplancton peuvent se nourrir à partir de carbone organique dissous prélevé dans le milieu ou substrat, ou sur des particules telles que celle qui composent la neige marine qui tombe vers le fond.

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