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Concept
Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats
Résumé
vignette|368x368px|CRISPR/Cas9.
thumb|500px|right|Diagramme du mécanisme de CRISPR.
En génétique, les , plus fréquemment désignées sous le nom de CRISPR (acronyme prononcé ), sont des familles de séquences répétées dans l'ADN. De telles familles se caractérisent par des séries de répétitions directes courtes (de 21 à 37 paires de bases) et régulièrement espacées par des séquences appelées , généralement uniques, de 20 à 40 paires de bases.
En génie génétique, le système CRISPR-Cas9, d'abord utilisé pour typer des souches de bactéries est récemment devenu un outil de manipulation génétique à fort potentiel. CRISPR-Cas9 est notamment utilisé comme ciseau moléculaire afin d'introduire des modifications locales du génome (manipulations souvent qualifiées d'édition génomique) de nombreux organismes modèles.
Cette structure répétée a été observée pour la première fois par Yoshizumi Ishino en 1987 chez Escherichia coli. Elle a ensuite été décrite plusieurs fois sous différents noms :
LCTR pour Long Clusters of Tandem Repeats. Deux de ces régions sont associées à des LCTR (typique des Archæa) ce qui supporte l’idée que ces LCTR soient impliqués dans le transfert de gènes ;
SPIDR pour Spacer Interspaced Direct Repeats ;
TREP pour Tandem REPeats ;
DVR pour Direct Variable Repeats ;
SRSR pour Short Regularly Spaced Repeats.
Un article de Juan Francisco Martínez Mojica de 2000 démontre que toutes les descriptions précédentes n'étaient que des facettes d'une seule et même entité. En 2002, Jansen décide, avec l'accord du groupe de Mojica, de clarifier la nomenclature en créant l'acronyme CRISPR.
Si la séquence répétée est bien conservée au sein d'un organisme, le nombre d'unités au sein d'un train, le nombre de trains et même la présence de trains sont des quantités hautement variables d'une lignée à une autre. De fait, les CRISPR ont été utilisés pour typer des souches bactériennes, une technique appelée spoligotypage.
Ces répétitions se rencontrent dans les lignées d'archées et de bactéries, mais n'ont pas encore été observées chez les eucaryotes.
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Proximité ontologique