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Concept
Séquençage de l'ARN
Résumé
Le séquençage de l'ARN (RNA-Seq, de l’anglais RNA sequencing), également appelé séquençage aléatoire du transcriptome entier (whole transcriptome shotgun sequencing en anglais), est une technologie qui utilise le séquençage à haut débit (next-generation sequencing en anglais) pour identifier et quantifier l'ARN issu de la transcription du génome à un moment donné.
Le transcriptome d'une cellule est dynamique, en constante évolution. Les technologies de séquençage à haut débit ont permis la lecture de l'ADN d'une cellule, base par base. Ces technologies permettent également la lecture de l'ARN dans une cellule, ce qui facilite la compréhension des mécanismes d'épissage alternatif de gènes, comprenant les modifications post-transcriptionnelles, les gènes de fusion, les polymorphismes nucléotidiques (SNP en anglais) et les changements dans l'expression génique. En plus de l'ARNm, la technologie RNA-Seq permet d'identifier d'autres types d'ARN, tels que les microARN (miRNA en anglais), l'acide ribonucléique de transfert (ARNt, tRNA en anglais) et l'ARN ribosomal (ARNr, rRNA anglais). La technologie du RNA-Seq est utile pour déterminer les marges exon/intron des gènes et pour vérifier la localisation des extrémités 5' et 3' annotées antérieurement.
Les études réalisées avec la technologie RNA-Seq comprennent l'observation des changements qui se produisent dans une cellule au cours d'infections et des changements dans l'expression génique pour les études portant sur le cancer.
Avant l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit, les études de masse portant sur l'expression des gènes étaient principalement réalisées par le biais de la technologie des puces à ADN.
thumb|350x350px|Schéma de l'isolation des ARN polyadénylés par utilisation de billes magnétiques liées à des oligonucléotides poly(T)La méthodologie générale du RNA-Seq est décrite ci-contre. La méthode la plus courante est celle visant les ARN polyadénylés car ceux-ci représentent les ARNm stables et donc non ciblés pour dégradation, qui correspondent donc principalement à des ARNm dont le but est la traduction en protéine.
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