La ligne Wallace est une frontière biogéographique entre les deux grandes écozones que sont l'indomalais et l'australasien. Elle doit son nom à son découvreur, le naturaliste Alfred Russel Wallace.
Wallace décrit, dans un exposé lu en 1859 et publié en 1860, la présence d'une discontinuité géographique dans la composition de la faune de l'Insulinde entre Bali et Lombok (deux Îles de la Sonde) et entre Bornéo et Célèbes (Sulawesi).
Wallace traça la ligne séparant les régions indo-malaise et austro-malaise sur une carte publiée en 1863.
Le terme de « ligne Wallace » (ang. Wallace’s line) fut inventé en 1868 par Thomas Henry Huxley qui a proposé aussi une modification de son tracé, plaçant notamment à l'est de celle-ci l'archipel des Philippines, afin de représenter plus fidèlement la distribution de certaines familles d'oiseaux.
Modifiée par Huxley, la ligne Wallace passe à l'ouest des Philippines en incluant seulement l'Île de Palawan dans la région indomalaise.
Discuté à maintes reprises depuis le milieu du (Wallace n'étant pas le premier) et tout au long du , le concept a fait l'objet de travaux scientifiques par les zoogéographes désireux de tracer une frontière nette entre régions Orientale et Australienne.
Jusqu'au début du , d'autres lignes de démarcation ont été tracées pour établir des limites biogéographiques à la distribution de la faune d'Asie et d'Australie.
La ligne de Muller (1846) basée sur l'écologie (critère d'aridité).
La ligne de Murray (1866) basée sur la distribution des mammifères.
La ligne de Lydekker (1896) basée sur la distribution des mammifères.
La ligne des (1899) basée sur la distribution des mammifères.
La ligne de Weber (1902) basée sur la distribution des poissons d'eau douce.
La limite zoologique de l'Asie et de l'Australie, qui coïncide avec la ligne des plus grandes profondeurs, fut appelée « Ligne de Weber » par Paul Pelseneer en 1904.
Au , plutôt qu'une ligne, une zone intermédiaire (de transition ou d'interpénétration) a également été envisagée comme frontière.
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