Résumé
A primer is a short single-stranded nucleic acid used by all living organisms in the initiation of DNA synthesis. DNA polymerase (responsible for DNA replication) enzymes are only capable of adding nucleotides to the 3’-end of an existing nucleic acid, requiring a primer be bound to the template before DNA polymerase can begin a complementary strand. DNA polymerase adds nucleotides after binding to the RNA primer and synthesizes the whole strand. Later, the RNA strands must be removed accurately and replace them with DNA nucleotides forming a gap region known as a nick that is filled in using an enzyme called ligase. The removal process of the RNA primer requires several enzymes, such as Fen1, Lig1, and others that work in coordination with DNA polymerase, to ensure the removal of the RNA nucleotides and the addition of DNA nucleotides. Living organisms use solely RNA primers, while laboratory techniques in biochemistry and molecular biology that require in vitro DNA synthesis (such as DNA sequencing and polymerase chain reaction) usually use DNA primers, since they are more temperature stable. Primers can be designed in laboratory for specific reactions such as polymerase chain reaction (PCR). When designing PCR primers, there are specific measures that must be taken into consideration, like the melting temperature of the primers and the annealing temperature of the reaction itself. Moreover, the DNA binding sequence of the primer in vitro has to be specifically chosen, which is done using a method called basic local alignment search tool (BLAST) that scans the DNA and finds specific and unique regions for the primer to bind. RNA primers are used by living organisms in the initiation of synthesizing a strand of DNA. A class of enzymes called primases add a complementary RNA primer to the reading template de novo on both the leading and lagging strands. Starting from the free 3’-OH of the primer, known as the primer terminus, a DNA polymerase can extend a newly synthesized strand.
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Amorce (génétique)
En biologie moléculaire, l'amorce est une courte séquence d'ARN ou d'ADN, complémentaire du début d'une matrice, servant de point de départ à la synthèse du brin complémentaire de cette dernière matrice par une ADN polymérase. En PCR, l'utilisation d'une amorce "sens" et "anti-sens" permettent de définir la séquence de l'amplicon. En séquençage, on n'utilise qu'une seule des deux amorces du produit de PCR qu'on veut séquencer.
ADN polymérase
thumb|right|250px|La réplication de l'ADN par une ADN polymérase. Une ADN polymérase est une enzyme faisant partie du complexe enzymatique intervenant dans la réplication de l’ADN au cours du cycle cellulaire lors de la phase S, mais aussi dans des processus de réparation et de recombinaison de l'ADN. Les ADN polymérases utilisent des désoxyribonucléosides triphosphate comme base pour la synthèse d'un brin d'ADN, en utilisant un autre brin d'ADN comme matrice.
Transcription (biologie)
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