Le cycle du carbone dans le pergélisol s'inscrit dans le cycle du carbone global. Le pergélisol est défini comme la partie d'un sol qui reste au-dessous de pendant au moins deux années consécutives. Comme ces sols restent gelés pendant de longues périodes, ils conservent de grandes quantités de carbone sous forme minérale ou de matière organique tout au long de cette période. Le pergélisol représente un réservoir important de carbone terrestre longtemps dans les bilans globaux. Mais des études scientifiques récentes ou en cours corrigent ce point de vue.
Le cycle du carbone du pergélisol (ou cycle du carbone arctique) concerne les transferts du carbone du pergélisol à la végétation terrestre et aux microbes, à l'atmosphère, puis en retour à la végétation et enfin aux sols du pergélisol par enfouissement et sédimentation dus aux processus cryogéniques. Une partie de ce carbone est transférée dans les océans ou dans d’autres parties du globe dans le cadre du cycle global du carbone. Le cycle comprend l'échange de dioxyde de carbone et de méthane entre les composants terrestres et l'atmosphère, ainsi que le transfert de carbone entre la terre et l'eau sous forme de méthane, de carbone organique dissous, de carbone inorganique dissous, de carbone inorganique particulaire et de carbone organique particulaire.
Les sols, en général, sont les plus grands réservoirs de carbone dans les écosystèmes terrestres. Cela est également vrai pour les sols de l'Arctique sur lesquels repose le pergélisol. La détermination des stocks de carbone dans les cryosols, c'est-à-dire les sols contenant du pergélisol à moins de deux mètres de la surface du sol, a été effectuée à l'aide de la base de données sur les sols des latitudes nord et moyenne. Les sols affectés par le pergélisol couvrent près de 9 % de la superficie terrestre du globe, mais stockent entre 25 et 50 % du carbone organique du sol. Ces estimations montrent que les sols de pergélisol constituent un important réservoir de carbone.
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