L'histoire du Soudan est marquée par l'influence militaire et culturelle de ses voisins, dont l'Égypte, la péninsule Arabique, l'Éthiopie, les deux Congo, République du Congo et République démocratique du Congo et le Tchad, ainsi que, plus récemment, le Royaume-Uni et les États-Unis. Son territoire recoupe celui de plusieurs anciens royaumes dont le royaume de Koush, ceux du Darfour et de Nubie.
vignette|Les peintures rupestres de Geddi-Sabu
Les fouilles archéologiques menées sur le Nil en amont d'Assouan ont confirmé l'occupation humaine de la vallée dès le paléolithique, il y a plus de , principalement vers Khashm El Girba et Khor Musa, avant 8000 avant notre ère, mais aussi Affad 23 et Djebel Sahaba.
Au , des peuples mésolithiques (8000-5000), puis néolithiques (4900-3300) s'y sont sédentarisés dans des villages fortifiés en briques, pratiquant l'agriculture et l'élevage : Ad-Damir, Abu Darbein, Wadi Howar, Shaqadud, puis Kadero, esh-Shaheinab, Kadruka, Kerma.
Les sociétés prédynastiques de Nubie et de Haute-Égypte étaient ethniquement et culturellement très proches, et ont évolué parallèlement vers des royaumes pharaoniques vers -3300, au néolithique. La Basse-Nubie semble ensuite s'être vidée de sa population dans le cadre d'un processus forcé d'égyptianisation et d'unification de la vallée du Nil par les royaumes établis au nord.
Le site rupestre de Geddi-Sabu reste une exception.
Kerma
Premier royaume de Kerma ou Kerma ancien : sous cette dénomination on entend regrouper l'ensemble des cultures nilotiques du Soudan moyen qui se regroupèrent par chefferies autour d'un puissant monarque qui avait sa capitale à Kerma, site du cours moyen du Nil soudanais. La population de cette époque est en effet constituée d'un ensemble de groupes différents, davantage marqués par les influences du Sud du Soudan. Développement de la métallurgie (bronze) et des arts : ébénisterie, ivoire, céramique, dont on a retrouvé beaucoup de témoignages dans les sépultures de l'époque qui acquièrent alors leur forme définitive.