Phylogéographie

La phylogéographie est l'étude des principes et processus qui gouvernent la distribution des lignées généalogiques, spécialement celle de niveau intraspécifique. Elle étudie les phénomènes génétiques et démographiques, en particulier les phénomènes de spéciation, ayant conduit à la distribution et à la structuration actuelle des populations, par exemple sous l'effet de la dérive des continents, des modifications de courants océaniques, des oscillations climatiques (qui induisent des glaciations et une baisse importante du niveau marin notamment), ou de catastrophes géoclimatiques (résilience post-crises d'extinctions majeures). Depuis peu et prospectivement, elle doit prendre en compte le fait que l'Homme est à l'origine de grandes perturbations phylogéographiques, à échelle planétaire, à la suite de l'invention de l'usage du feu, de l'agriculture, et des transports planétaires (espèces introduites, espèces invasives, maladies émergentes, etc.), mais aussi à la suite de la fragmentation écopaysagère des continents, à la surpêche, ou à la suite de la destruction et artificialisation des milieux à grande échelle, ou encore à la suite du dérèglement climatique induit par des émissions massives de gaz à effet de serre, parallèlement à la destruction ou saturation de nombreux puits de carbone. La diffusion dans le milieu naturel de nombreuses populations clonées, et d'OGM ou d'espèces devenues antibiorésistantes, résistantes à certains biocides (dont pesticides agricoles ou domestiques ou vétérinaires) posent également de nouveaux problèmes. Le terme phylogéographie a été utilisé pour la première fois par John Avise dans son travail Intraspecific Phylogeography: The Mitochondrial DNA Bridge Between Population Genetics and Systematics (Phylogéographie intraspécifique : le pont d'ADN mitochondiral entre la génétique des populations et la systématique), publié en 1987. La biogéographie historique examine comment les conditions historiques, géologiques, climatiques et écologiques ont influencé la répartition actuelle des espèces.