La , qui était jusqu'en 2000 l'agence de sécurité maritime du Japon (Maritime Safety Agency), est une composante très importante des moyens navals du Japon. Elle dépendait du et actuellement du ministère japonais du Territoire, des Infrastructures, des Transports et du Tourisme depuis la création de celui-ci en 2001. Son quartier-général se trouve au siège de ce ministère, 2-1-3 Kasumigaseki, Chiyoda-ku, Tōkyō-to.
La garde côtière est une agence civile dont le quartier général se trouve dans le ministère à Tokyo est organisée, en 2007, en onze districts, , , , quatorze stations aériennes, onze centres de communications de district. Elle dispose de quatre observatoires hydrographiques et d'aides à la navigation.
quartier-général des garde-côtes : Otaru (incluant les îles Kouriles disputées à la Russie)
quartier-général des garde-côtes : Shiogama
quartier-général des garde-côtes : Yokohama
quartier-général des garde-côtes : Nagoya
quartier-général des garde-côtes : Kōbe
quartier-général des garde-côtes : Hiroshima
quartier-général des garde-côtes : Kitakyūshū
quartier-général des garde-côtes : Maizuru
quartier-général des garde-côtes : Niigata
quartier-général des garde-côtes : Kagoshima
quartier-général des garde-côtes : Naha (incluant les îles Senkaku revendiquées par la Chine)
Elle dispose de sa propre académie militaire (海上保安大学校 Kaijō Ho'an Daigakkō) à Kure, de deux unités de forces spéciales, la (SST) (特殊警備隊 Tokushu Keibi Tai) et la Special Rescue Team (SRT) (特殊救難隊 Tokushu Kyūnan Tai) et deux musées lui sont consacrés dont le musée des garde-côtes de Yokohama.
vignette|gauche|Navires des garde-côtes japonais et taïwanais le 4 juillet 2012 dans les eaux des îles Senkaku.
vignette|Bâtiment commun 3 du Gouvernement central, qui abrite notamment le QG de la garde côtière.
Elle est créée le sous le nom d'agence de sûreté maritime (Maritime Safety Agency) et prend son nom actuel en 2000.
En 1952, la Force de sûreté côtière est mise sur pied par l’agence de sûreté maritime, incorporant les dragueurs de mines et d’autres navires militaires, pour l’essentiel des destroyers, cédés par les États-Unis.