thumb|Localisation du bassin du Tarim.
thumb|Plaque en bois avec inscriptions en tokharien. Koutcha, Chine, . Musée national de Tokyo.
Les langues tokhariennes, ou agni-kuči, sont une branche de la famille des langues indo-européennes parlées et écrites dans le bassin du Tarim au millénaire , au sud de l'actuelle région autonome du Xinjiang en Chine. Il est possible qu'elles remontent dans la région au début du millénaire mais sans preuve définitive. Elles ont disparu avec l'arrivée des peuples turcophones (en particulier, les Ouïghours), au .
Sur les manuscrits ramenés du bassin du Tarim par les expéditions européennes et japonaises au début du , il y avait une langue inconnue qui fut d'abord appelée la « langue I ». Le turcologue allemand F. W. K. Müller lui donna en 1907 le nom de tokharien.
En 1908, les indianistes et Wilhelm Siegling prouvèrent son caractère indo-européen. Un peu plus tard, l'orientaliste français Sylvain Lévi publia les premières traductions de textes. Le déchiffrement n'avait guère posé de problème, le tokharien étant noté avec une écriture d'origine indienne, la brāhmī. De plus, on disposait de documents bilingues tokharien-sanskrit.
Les documents les plus anciens datent du ou peut-être du , mais pour l'essentiel, ils remontent aux . S'ils sont rédigés sur du papier, invention venue de Chine au début de l'ère chrétienne, leur présentation est de type indien.
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits.