Luniversité d'Ingolstadt, aussi appelée Hohe Schule (« haute école ») a été fondée en 1472 à Ingolstadt, par privilège du duc Louis IX de Bavière, et avec approbation papale. Elle est historiquement la première université de Bavière. En 1800, elle est transférée à Landshut, puis en 1826 à Munich, où elle s'appelle désormais université Louis-et-Maximilien de Munich.
En 1458, le duc Louis IX de Bavière adresse au pape Pie II une proposition d'installation d'une université à Ingolstadt. Il vante les avantages de la ville en ces termes :
Le pape donne son approbation en 1459. Des problèmes financiers retardent le projet, et l'université ouvre le . Le bâtiment qui abrite l'université est le mis à disposition par l'évêque d'Eichstätt. Ingolstadt devient ainsi la onzième ville universitaire de l'empire germanique. Le premier recteur est .
L'université est initialement composée de quatre facultés : théologie, droit, sciences naturelles et philosophie. En 1500, elle est la première université allemande à parler de l’humanisme. Depuis 1505, on y enseigne l'hébreu et depuis 1515 le grec. Parmi les érudits de cette époque, il y a l'humaniste Conrad Celtes, l’historien Johann Turmair et le jésuite Pierre Canisius. Par le théologien Johannes Eck, Ingolstadt devient le centre spirituel de la Contre-Réforme.
Après la mort d'Eck en 1543, l'université est reprise par les jésuites, comme presque tous les établissements d’enseignement supérieur catholiques en Allemagne, et ceci jusqu'à la suppression de la Compagnie de Jésus en 1773. L'un des recteurs les plus éminents de l'université est, au milieu du , le jésuite Pierre Canisius. L'empereur Ferdinand II et le prince électeur Maximilian de Bavière ont étudié à l'université. À son apogée, l'université compte plus de mille étudiants. Avec l'université de Cologne, Ingolstadt est la plus importante université catholique allemande de la Renaissance; après la Réforme protestante, elle est dépassée par les universités protestantes de Leipzig, Iéna, Wittenberg et Göttingen ainsi que par celle de Kœnigsberg ("Albertina").
