, né le à Tokyo (Japon) et mort dans la même ville le d'une hépatite, est un écrivain japonais, connu pour avoir écrit sur sa foi catholique. Avec Junnosuke Yoshiyuki, Shōtarō Yasuoka, Junzō Shōno, Hiroyuki Agawa, Ayako Sono et Shumon Miura, Endō est catégorisé comme un « écrivain de la troisième génération », le troisième groupe d'écrivains majeurs apparus après la Seconde Guerre mondiale.
Peu après la naissance de Endō à Tokyo en 1923, sa famille déménage à Dalian dans le territoire de Kwantung en Mandchourie. Son père est employé de banque.
Ses parents divorcent en 1933 et sa mère part avec lui vivre chez sa sœur, une fervente catholique, à Kōbe, Japon. Il reçoit le baptême à onze ans, avec sa mère qui se convertit au catholicisme à son retour en 1934 et lui donne une éducation catholique. À ce sujet, Endō dit que .
Il commence ses études de la littérature française à l'université Keio de Tōkyō en 1943, mais il les interrompt pendant la guerre pour travailler dans une usine de munitions. Il n'est pas mobilisé à cause de sa mauvaise santé. À cette époque, il contribue à plusieurs journaux littéraires et, en 1968, il devient le rédacteur en chef de l'un de ces journaux, le prestigieux Mita Bungaku.
Ensuite, il reçoit une bourse et étudie à l'université de Lyon en France de 1950 à 1953. Il est, dans la période après-guerre, parmi les premiers étudiants japonais en France. Il se passionne pour la littérature catholique moderne notamment, les romans de Graham Greene et François Mauriac. Il dit de ses études : .
Après ses études, il revient au Japon pour tenter sa chance comme écrivain. Son succès est presque immédiat. En 1955, il est lauréat du prix Akutagawa, le prix littéraire le plus prestigieux du Japon, pour son roman Shiroi hito (L'Homme blanc).
Endō épouse Okada Junko en 1955, avec qui il a un fils, Ryunosuke, né en 1956.
Tout au long de sa vie, Endō souffre de graves problèmes de santé, notamment des maladies pulmonaires (y compris la tuberculose). Pendant sa vie d'adulte, il cumule plusieurs années de séjours dans des hôpitaux.