Déclin des populations d'amphibiens

thumb|250px|Le crapaud doré (Incilius periglenes), a été un des premiers indicateurs du déclin des populations d’amphibiens. Considéré dans les années 1980 comme abondant dans son habitat au Costa Rica, il a été observé pour la dernière fois en 1989. Les derniers chiffres de croissance de la population conformes à la normale datent de 1987. En 1988, seulement 8 mâles et 2 femelles ont été observés. En 1989, on n’a plus rencontré qu’un seul spécimen mâle, qui reste encore aujourd’hui le dernier individu observé. Bien que les scientifiques observent une diminution des populations de plusieurs espèces en Europe depuis les années 1950, la prise de conscience du fait que le déclin des populations d'amphibiens puisse entraîner des extinctions massives d'espèces dans le monde entier ne date que des années 1980. En 1993 déjà, plus de 500 espèces de grenouilles et de salamandres présentes sur les cinq continents présentaient un déclin de population. Aujourd’hui, le phénomène de déclin des popu

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Le cours traite les interactions entre l'hydraulique, le transport solide par charriage et l'espace cours d'eau à l'origine de la morphologie et de la richesse des habitats. La théorie de régime est présentée et l'évaluation de la qualité des habitats d'un cours d'eau est effectuée.

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Impacts of thermal mismatches on chytrid fungus Batrachochytrium dendrobatidis prevalence are moderated by life stage, body size, elevation and latitude

Suzanne Marie Young

Global climate change is increasing the frequency of unpredictable weather conditions; however, it remains unclear how species-level and geographic factors, including body size and latitude, moderate impacts of unusually warm or cool temperatures on disease. Because larger and lower-latitude hosts generally have slower acclimation times than smaller and higher-latitude hosts, we hypothesised that their disease susceptibility increases under 'thermal mismatches' or differences between baseline climate and the temperature during surveying for disease. Here, we examined how thermal mismatches interact with body size, life stage, habitat, latitude, elevation, phylogeny and International Union for Conservation of Nature (IUCN) conservation status to predict infection prevalence of the chytrid fungus Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) in a global analysis of 32 291 amphibian hosts. As hypothesised, we found that the susceptibility of larger hosts and hosts from lower latitudes to Bd was influenced by thermal mismatches. Furthermore, hosts of conservation concern were more susceptible than others following thermal mismatches, suggesting that thermal mismatches might have contributed to recent amphibian declines.

WILEY2019

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Biodiversity dynamics and the effect of urban environment on the distribution of genetic variation in the Geneva cross-border area

Alain Clémence, Idris Guessous, Jens Ingensand, Stéphane Joost, Kevin Leempoel, Estelle Rochat, Ivo Widmer

Population growth, urbanization and agriculture lead to degradation and loss of natural environment. This has an adverse effect on the diversity of habitats, species and genes and might cause decline in the quality of life of the resident population. In this context and in the densely populated Geneva cross-border area, we study biodiversity dynamics and the effect of the environment on the distribution of genetic variation (URBANGENE project). We use genetic information of three model species (a plant, an insect and an amphibian) in combination with environmental and landscape data to evaluate their potential to disperse and adapt to urban environments. Based on a representative population survey, we further investigate how urban residents perceive their quality of life with a local biodiversity perspective, compared with health data measured in the same areas. Using genome-wide SNP data, we assessed genome-environment associations for Plantago major, a synanthropic plant, in order to obtain information on its ability to disperse among habitats and to adapt to the urban environment. Butterfly (Pieris rapae) and amphibian model species (Bufo bufo) will be sampled in 2015. As regards the amphibians, we developed a WebGIS participatory platform, making it possible for Geneva residents to indicate the geographic location of amphibian habitats on an interactive map, and to transmit information on the species they observed in this area. The integration of results from this interdisciplinary project should allow for a more sustainable urban development and a better conservation and management of biodiversity in urban areas.

2015

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Indication of spatially random occurrence of Chlamydia-like organisms in Bufo bufo tadpoles from ponds located in the Geneva metropolitan area

Stéphane Joost, Oliver Michele Selmoni, Elia Vajana, Séverine Vuilleumier Varisco, Ivo Widmer

Occurrence of bacteria belonging to the order Chlamydiales was investigated for the first time in common toad (Bufo bufo) tadpole populations collected from 41 ponds in the Geneva metropolitan area, Switzerland. A Chlamydiales-specific real-time PCR was used to detect and amplify the Chlamydiales 16S ribosomal RNA–encoding gene from the tails of 375 tadpoles. We found the studied amphibian populations to host Chlamydia-like organisms (CLOs) attributable to the genera Similichlamydia, Neochlamydia, Protochlamydia and Parachlamydia (all belonging to the family Parachlamydiaceae), Simkania (family Simkaniaceae) and Estrella (family Criblamydiaceae); additionally, DNA from the genus Thermoanaerobacter (family Thermoanaerobacteriaceae) was detected. Global autocorrelation analysis did not reveal a spatial structure in the observed CLOs occurrence rates, and association tests involving land cover characteristics did not evidence any clear effect on CLOs occurrence rates in B. bufo. Although preliminary, these results suggest a random and ubiquitous distribution of CLOs in the environment, which would support the biogeographical expectation ‘everything is everywhere’ for the concerned microorganisms.

2019

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Extinction de l'Holocène

thumb|Le dodo, un oiseau de l'Île Maurice, s'est éteint vers la fin du après que les humains eurent détruit les forêts où les oiseaux faisaient leur nid et introduit des animaux qui mangeaient leurs

Anoures

Les anoures, Anura, sont un ordre d'amphibiens. C'est un groupe, diversifié et principalement carnivore, d'amphibiens sans queue comportant notamment des grenouilles et des crapauds. Le plus ancien

Amphibia

Les amphibiens (Amphibia), anciennement « batraciens », forment une classe de vertébrés tétrapodes. Ils sont généralement définis comme un groupe incluant l'« ensemble des tétrapodes non amniotes ».