En chimie organique, l'adjectif « secondaire » est utilisé pour classer certains types de composés (alcools, amines, amides, halogénure d'alkyle, etc.) ou intermédiaires réactionnels (radicaux alkyle, carbocations, etc.). Il désigne le des atomes d'hydrogène lié à l'atome central (carbone, azote, phosphore, etc.) de la fonction en question, par des groupes organyles, et en l'occurrence, le fait qu'un deux atomes d'hydrogène ont été remplacés chacun par un groupe organyle.
Par exemple, l'atome central d'un groupe alcool est l'atome de carbone, lié à un groupe hydroxyle ; l'alcool sera qualifié de « secondaire » si l'atome de carbone est lui-même secondaire, c'est-à-dire qu'outre le groupe hydroxyle, il est un lié à un deux groupes organyles, et un atome d'hydrogène. S'il est lié à un seul groupe organyle et un deux atomes d'hydrogène, il sera qualifié de « primaire », et s'il est lié à trois groupes organyles, il sera qualifié de « tertiaire ». De même, une amine sera qualifié de « secondaire » si son atome central, l'atome d'azote, est secondaire (lié à un deux groupes organyles), et une phosphine sera qualifié de « secondaire » si son atome central, l'atome de phosphore, est secondaire.