thumb|Processus de fragmentation et défragmentation d'un système de fichiers.
En informatique, la fragmentation peut désigner plusieurs concepts :
la fragmentation d'un disque dur,
la fragmentation de la mémoire vive,
la fragmentation des paquets dans les réseaux informatiques à commutation de paquets.
Le disque dur d'un ordinateur est divisé en secteurs et le système d'exploitation les rassemble pour former des blocs (clusters en anglais). Ainsi, un fichier est contenu sur un nombre entier de blocs : le dernier bloc n'est pas toujours entièrement rempli de données.
Chaque fichier utilise donc plusieurs blocs. Si les blocs contenant le fichier sont contigus, celui-ci n'est pas fragmenté. Toutefois, en pratique, les blocs d'un fichier sont généralement éparpillés par groupes, d'où la fragmentation du fichier.
Reprenons l'exemple de Roberto Di Cosmo, en simplifiant.
Assimilons le disque dur à une grande armoire à tiroirs, tous de même taille, dans laquelle on rangerait des dossiers.
Au départ, tous les tiroirs sont vides, et la personne peut remplir les premiers tiroirs sans problème. Des dossiers sont retirés, ce qui amène des trous dans la rangée des tiroirs. Un problème se pose alors lorsqu'un dossier est trop grand pour rentrer intégralement dans un des emplacements vides. Le dossier est alors séparé en plusieurs morceaux puis réparti dans des cases vides.
Maintenant, si la personne doit aller chercher ce dossier, elle doit aller chercher les différentes parties du dossier à des endroits différents, ce qui prend plus de temps que si l'intégralité du dossier était stockée au même endroit. Pour y remédier, il suffit que, régulièrement, quelqu'un s'occupe de réorganiser toute l'armoire en rassemblant les éléments de chaque dossier, ce qu'on appelle la défragmentation.
Ce mode de fonctionnement est actuellement utilisé par les ordinateurs fonctionnant sous Microsoft Windows, plus précisément, c'est le mode de fonctionnement des systèmes de fichiers .
Tous les systèmes UNIX ont la même gestion de la fragmentation.