Un label d'agriculture biologique est une certification du mode de production des produits issus de l'agriculture biologique. Cette certification est payante, tous les agriculteurs produisant des produits biologiques n'ont pas forcément un label. Pour la filière des aliments d'origine biologique, toute entreprise impliquée peut être certifiée, incluant donc les semenciers, les agriculteurs, les fabricants de nourriture, les distributeurs et les restaurateurs. Les critères de certification sont variables d'un pays à l'autre et d'une certification à l'autre, elles comportent généralement une série de standards de production pour les phases de production des plantes, de stockage, de transformation, d'emballage et d'expédition, parmi lesquels : restriction au maximum de l'utilisation d'intrants de synthèse (les exceptions font l'objet d'une liste précise) et remplacement de ces derniers par des intrants d'origine naturelle ; pas d'utilisation d'organisme génétiquement modifiés ; pas de stérilisation par irradiation ; utilisation de terrain de culture n'ayant pas reçu de produit de synthèse depuis une période donnée (généralement plus de trois ans) ; consignation écrite détaillée des étapes de productions et de ventes (audit) ; séparation physique des productions labellisable et non labellisable ; inspection sur site régulière. Dans certains pays, les certifications sont gérées par le gouvernement, et l'utilisation commerciale du terme « agriculture biologique » est définie légalement. Les producteurs certifiés sont également tenus de respecter les règles de sécurité sanitaire s'appliquant aux productions non certifiées. Le label Biogarantie est le label du bio en Belgique. Propriétaire du label, l'association sans but lucratif Biogarantie regroupe des associations professionnelles des cultivateurs, des transformateurs, des distributeurs et des points de vente. Les contrôles sont effectués par deux organismes agréés : Ecocert ou Blik-Integra. De nombreux labels privés existaient jusqu'à présent au Canada.

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