Atlus Co., Ltd. (株式会社アトラス) est une société japonaise de développement, d'édition et de distribution de jeux vidéo, fondée en avril 1986 à Tokyo. L'entreprise est rachetée par Takara en octobre 2003, Index Holdings en novembre 2006, puis Sega Sammy Holdings en novembre 2013 en tant que filiale de Sega. Le avril 2014, l'entreprise a fusionné avec une partie d'Index, dont Index Digital Media, Inc. renommée Atlus USA., Inc..
Elle est particulièrement connue pour le développement de la franchise de jeux de rôle Megami Tensei. Le premier Megami Tensei est un jeu vidéo sur console NES publié par Namco, fondé sur une trilogie de romans, mais après le deuxième jeu, Atlus publia le reste de la série. La mascotte de l'entreprise est Jack Frost de Shin Megami Tensei. Le siège social d'Atlus se trouve dans l'arrondissement de Shinjuku à Tokyo.
L'entreprise Atlus est fondée en avril 1986.
En octobre 2003, Takara rachète l'entreprise.
En novembre 2006, Index Holdings prend possession d'Atlus en achetant la majorité des actions de l'entreprise. Le 30 août 2010, Index Holdings annonce qu'Atlus n'est plus une société indépendante et qu'elle est sous son contrôle direct.
Le 18 septembre 2013, le groupe Sega Sammy Holdings officialise le rachat d'Index Corporation (Index Holdings change de nom en novembre 2010) pour 14 milliards de yens, l'équivalent de 106 millions d'euros. Index devient une filiale de Sega Sammy et est dirigée par Naoya Tsurumi.
Le 18 février 2014, Sega Sammy Holdings dévoile la séparation d'une partie de l'activité de l’entreprise Index au avril 2014, pour la fusionner dans sa filiale Atlus et avec la filiale étrangère Index Digital Media, Inc. renommée à ce moment-là Atlus U.S.A., Inc..
À la suite de l'acquisition d'Atlus par Sega Sammy Holdings, NIS America, son éditeur de jeux vidéo pour l'Europe et l'Océanie, constata qu'il devenait de plus en plus difficile de travailler entre Sega et Atlus pour la distribution et met officiellement fin à son partenariat avec Atlus en avril 2016.