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L'écologie des systèmes lotiques est l'étude des interactions biotiques et abiotiques dans les flux d'eaux courantes continentales. Avec l'écologie des systèmes lentiques, qui concerne les eaux continentales moins dynamiques, comme les lacs ou les étangs, elle forme le champ d'études plus général de l'eau douce ou de l'écologie aquatique. Les milieux lotiques prennent des formes très diverses, allant du ruisseau peu large au grand fleuve de plusieurs kilomètres de large, mais présentent des invariances qui justifient leur étude commune. On observe donc quelques caractéristiques communes qui distinguent les eaux coulantes des autres habitats aquatiques : les flots sont unidirectionnels ; ces systèmes sont dans un état de changement physique continuel ; il y a une forte hétérogénéité spatiale et temporelle à toutes les échelles ; ; la « biota » est spécialisée pour vivre dans les conditions des flots. thumb|upright=1.5|Phénomène dit de dérive des invertébrés aquatiques (« invertebrate drift »). Dans les systèmes lotiques, de nombreux invertébrés se détachent de leur support, ou se laissent volontairement emporter par le courant. Ceci se produit presque toujours dans les périodes crépusculaire et dans les 2 ou 3 heures qui suivent le coucher du soleil et peu avant l’aube. Les poissons et certaines espèces prédatrices semblent également plus actifs à ces périodes. La pollution lumineuse pourrait peut-être perturber ce mécanisme qui semble lié aux variations d'intensité de la lumière perçue par les invertébrés. Les flux physiques (eau, sédiments en suspension, oxygène dissous...) sont dans les systèmes lotiques l'opérateur abiotique clé (éventuellement influencé par l'homme via ses modes d'aménagement du territoire et d'occupation des sols) qui influencent leur écologie. La force des flux d'eau peut varier selon le système et ses sous-systèmes. Dans un cours d'eau rapide ou lent, certains remous peuvent presque être vus comme des systèmes lentiques. La vitesse des flux d'eau peut être variable à l'intérieur des systèmes et entre systèmes différents.
Kristin Schirmer, Ahmed Tlili, Renata Behra