Une jonction de Holliday est une jonction mobile entre quatre brins d'ADN. La structure tire son nom de Robin Holliday, qui l'a proposé en 1964 pour expliquer un type particulier d'échange d'information génétique qu'il a observé chez Ustilago maydis, la recombinaison homologue. Elles sont en fait un intermédiaire lors du processus de recombinaison génétique, très important au maintien de l'intégrité du génome. La jonction de Holliday est généralement symétrique, ce qui permet un déplacement spécifique selon un motif préservant l'appariement des bases. Ceci signifie que les 4 bras individuels peuvent glisser les uns sur les autres tout en conservant la structure. vignette|Résolution de la jonction de Holliday selon l'axe de symétrie vertical et selon l'axe de symétrie horizontal vignette|Représentation des trois conformations que peuvent prendre les jonctions de Holliday. Les deux conformations superposées diffèrent au niveau de quel brin d'ADN superpose l'autre brin. Les jonctions de Holliday peuvent exister sous différentes conformations avec différents patrons de superposition coaxiale entre les 4 bras de la double hélice d'ADN. La superposition coaxiale est la tendance des bouts francs des acides nucléiques de se lier entre eux via des interactions entre les bases exposées. Il existe trois conformations possibles : une forme sans superposition des brins et deux formes avec superposition des brins d'ADN. En l'absence de cations divalents tels que le Mg2+, la forme sans superposition est priorisée dû à la répulsion électrostatique entre les charges négatives des brins d'ADN. En présence d'un minimum de 0,1 mM Mg2+, la répulsion électrostatique est diminuée et les formes avec superposition prédominent. Les jonctions de Holliday dans la recombinaison homologue sont composées de séquences identiques ou presque identiques, impliquant alors que la jonction centrale possède un arrangement symétrique. Ceci permet la migration des brins. Le clivage, ou la résolution de la jonction de Holliday, peut s’effectuer selon deux méthodes.

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