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La méthodologie économique est une sous-discipline de la science économique qui s'interroge, en mobilisant les apports de la philosophie des sciences, sur les fondements épistémologiques des théories économiques. L'expression « méthodologie économique » (de l'anglais economic methodology) est réductrice car les problématiques développées sont autant de nature ontologique et épistémologique que méthodologique. Cette sous-discipline connaît un essor assez marqué dans les pays anglo-saxons depuis les années 1980. Une revue scientifique, The Journal of Economic Methodology lui est consacrée. Les thèmes de recherche sont extrêmement divers, même si une grande partie des réflexions est dirigée vers le paradigme néoclassique. Notamment, d'importantes réflexions autour de la théorie des jeux, du concept de rationalité, de l'individualisme méthodologique ou encore de l'économétrie se sont développées. Par ailleurs, la méthodologie économique est également un terrain fortement investi par les approches économiques hétérodoxes (post-keynésianisme, marxisme, institutionnalisme, école autrichienne), l'élaboration d'un paradigme alternatif passant inévitablement par la reformulation des fondements épistémologiques de la science économique. John Stuart Mill est l'un des premiers à mener une réflexion sur les démarches et méthodes employées par les économistes, notamment dans le cadre de son ouvrage monumental d'épistémologie et de philosophie des sciences A System of Logic (1848). Dans ce dernier, ainsi que dans ses autres écrits méthodologiques, Mill développe une conception radicalement empiriste de la science puisqu'il défend l'idée que le raisonnement déductif n'a en fait aucune existence propre : les prémisses sur lesquels reposent tout syllogisme ont en effet une origine nécessairement empirique et inductive. En d'autres termes, les scientifiques dérivent nécessairement leurs axiomes et postulats de généralisations partant de l'observation.