Le fractionnement cellulaire est une technique d'isolement, ou purification, d'organites en préservant leurs fonctions individuelles. Sous ses premières formes, elle a été mise au point pour démontrer la localisation cellulaire de processus biochimiques. Le fractionnement cellulaire permet aux chercheurs de préparer des organites spécifiques en volume et d'identifier leurs fonctions, une tâche beaucoup plus difficile avec des cellules intactes. La première étape de fractionnement est une lyse (rupture de la membrane cellulaire), de sorte que les organites soient libérés. Ceci est fait dans des conditions qui minimisent les dommages aux organites liés à la membrane. Les mécanismes d'homogénéisation sont variés : exposition aux ultrasons (sonication) ; traitement avec un mélangeur à grande vitesse ; broyage dans un homogénéisateur ; changements de pression ; choc osmotique ; congélation et décongélation ; etc. Généralement, il est nécessaire de veiller, au moyen d'un microscopie à contraste de phase, qu'il n'y a pas rupture des organites ni désorganisation des structures cytoplasmiques. La suspension résultante (homogénat ou extrait) contient les grandes et petites molécules circulant dans le cytosol, ainsi que tous les organites liés à la membrane. Les échantillons sont ensuite réfrigérés pour éviter qu'ils se dégradent. L'intérêt d'une filtration dépend de l'origine des cellules. Par exemple, dans le cas de tissus animaux, il est généralement nécessaire de filtrer l'homogénat afin de séparer de gros fragments de cellules ou de tissus des organites, tels que le tissu conjonctif. Ainsi, à partir de l'homogénat brut, les résidus cellulaires et les fragments de tissu conjonctif sont éliminés. vignette|Fractions d'organites de cellules végétales séparées par ultracentrifugation en gradient de densité de saccharose. Une fois les cellules brisées, la suspension peut être séparée en ses principaux composants en utilisant une des deux procédures d'ultracentrifugation suivantes.

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