vignette|Symbole alchimique du mystagogue.
La mystagogie (étymologiquement, du grec : initiation au ou aux mystères) désigne le temps qui suit le catéchuménat correspondant à l'initiation aux mystères de la foi, notamment la participation à l'eucharistie. Le mystagogue, c'est-à-dire le catéchiste qui enseigne au néophyte, a donc la mission de conduire celui qu’il accompagne au cœur du mystère chrétien.
La mystagogie permet à ceux qui ont vécu des sacrements (baptême, confirmation, eucharistie, etc.) d'en recueillir l'expérience et les fruits. Ainsi, dans une société où tout est à expliquer, la mystagogie invite, à la manière des premiers chrétiens, à laisser dans les pratiques liturgiques la parole aux rites et permettre aux nouveaux chrétiens d'exprimer leur propre expérience.
Cette tradition est ancienne ; on trouve un bon exemple de mystagogie dans Les Catéchèses de Saint Cyrille de Jérusalem.
Les pères synodaux, lors de la Assemblée Générale du synode des évêques de France, à Rome, du 2 au , rappelaient, parmi les cinquante propositions au Souverain Pontife, que le chemin chrétien est une expérience et redisaient l'exigence d'un itinéraire mystagogique.
En , les évêques de France, en Assemblée Plénière à Lourdes, ouvraient un dossier majeur : le Texte national pour l'orientation de la catéchèse en France. , dans son discours d'ouverture, rappelait les propositions du synode, et notamment la recommandation de développer une « pédagogie qui introduise au sens du mystère eucharistique » car il est important, selon lui, « d'aider à ouvrir les yeux de la foi [...] ce qui implique une catéchèse mystagogique [...] car l'expérience des sacrements échappe à l'organisation et au discours et peut acheminer à Dieu ».
Dans leur Texte national pour l'orientation de la Catéchèse en France (2006), les évêques de France invitent donc à une pédagogie de l'initiation où la mystagogie tient une place importante : la catéchèse doit développer une pédagogie qui aide à trouver dans l'expérience chrétienne de quoi se construire dans une identité chrétienne.