Muggia est une commune de la province de Trieste dans la région autonome du Frioul-Vénétie Julienne en Italie.
La ville se trouve en Istrie, au sud de la baie de Muggia qui la sépare de la ville de Trieste. C'est le seul port d'Istrie qui soit resté italien en 1954.
Les premiers habitants sont les Illyriens (Histres, Dalmates, Liburnes). Les Histres ont donné leur nom à la péninsule d'Istrie.
En 178 le site de Muggia est intégré dans l'Empire romain, plus précisément dans la région romaine. On n'y trouve alors que quelques hameaux de pêcheurs de Murex servant à fabriquer la teinture pourpre.
Après la disparition de l'Empire romain d'Occident, Muggia, comme l'Italie, tombe sous la domination des Ostrogoths en 493. L'Empire romain d'orient reconquiert l'Italie et l'Istrie en 539, mais cette dernière tombe sous le joug des Lombards en 568, puis est conquise par les Francs de Charlemagne en 788. Il semble que le site était alors déserté, d'autant qu'au , la région fut à plusieurs reprises pillée par les Magyars.
Muggia n'est à nouveau attestée qu'au , disputée entre la république de Venise qui gouverne alors la moitié sud de l'Istrie, tandis que la moitié nord avec Trieste et l'intérieur des terres, appartiennent aux Habsbourg (voir marche d'Istrie). Muggia reste finalement vénitienne de 1382 à 1797 lorsqu'elle est annexée par les Habsbourg.
En 1805 Muggia est rattachée au royaume d'Italie d'Eugène de Beauharnais, vassal de Napoléon Bonaparte, et en 1809 à l'Empire français directement, étant incluse dans ses provinces illyriennes. En 1814, le congrès de Vienne l'attribue, avec Trieste et toute l'Istrie, à l'empire d'Autriche.
Après la Première Guerre mondiale, l'Autriche-Hongrie se fragmente et Muggia passe à l'Italie lors du traité de Rapallo. Après la Seconde Guerre mondiale Muggia, comme Trieste, est revendiquée par l'Italie et la Yougoslavie : en 1954 l'Italie parvient à conserver Trieste et Muggia, tandis que la Yougoslavie annexe tout le reste de l'Istrie (98 % de la péninsule).