vignette|La colonne d'eau et ses différents étages d'espèces. vignette|Représentation schématique du concept de l'halieute Daniel Pauly. Le benthos est l'ensemble des organismes aquatiques (marins ou dulcicoles), appelés benthontes, vivant à proximité du fond des mers et océans, des lacs et cours d'eau. Par opposition, on parle de pélagos (constitué du plancton et du necton) pour désigner l'ensemble des organismes qui occupent la tranche d'eau supérieure, du fond à la surface. Beaucoup d'organismes benthiques ont néanmoins des larves qui sont planctoniques et qui pourraient être négativement affectées par l'acidification des océans, à des seuils de teneur en déjà atteints ou qui pourraient bientôt l'être. Fortement convoitées, la faune et la flore benthiques (zoobenthos et phytobenthos) sont soumises à de multiples pressions anthropiques. Selon le PNUE, 80 % des pollutions marines sont d'origine terrestre et anthropique. Ces perturbations directes ou indirectes sont générées par les activités humaines, soit physiquement (effets du chalutage de fond parfois comparés aux coupes rases en exploitation forestière, dragage pour l'extraction de granulats, aquaculture), soit résultant de pollutions chroniques (rejets urbains, et industriels) ou d'apports accidentels (pollutions pétrolières, introduction d'espèces envahissantes). Le chalutage profond détruit également une partie de la faune benthique, très lente à se reconstituer.Ce mot vient du grec ancien , « profondeur ». L'adjectif benthique dérive de benthos et s'emploie pour préciser qu'une espèce vit dans la zone de fond marin, soit à proximité du fond (organismes vagiles), soit directement sur le substratum (épibenthique), soit même dans celui-là (endobenthique), cette espèce pouvant être sessile (fixée) ou vagile (mobile). En fonction de leur taille, on distingue : le macrobenthos, de taille supérieure à ; le meiobenthos, de taille comprise entre et 63 μm () ; le microbenthos, de taille inférieure à 63 μm.

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