Les anapsides (Anapsida) forment une sous-classe de vertébrés tétrapodes. Le terme anapside leur est attribué à cause de l'absence de fentes temporales au niveau du crâne et par opposition aux animaux synapsides (1 fosse) et diapsides (2 fosses). On considérait auparavant que les tortues, l'ordre des Testudines, appartenait à cette sous-classe. Aujourd'hui certains auteurs considèrent les testudines comme des diapsides ayant perdu leurs fosses temporales.
Alors que l'on parlait traditionnellement de reptiles anapsides comme s'il s'agissait d'un groupe monophylétique, il a été suggéré que plusieurs groupes de reptiles ayant un crâne d'anapside pourraient être liés de façon lointaine. Les scientifiques discutent encore de la relation exacte entre les reptiles basaux (originaux) apparus pour la première fois dans le Carbonifère tardif et les divers reptiles du Permien qui avaient un crâne anapside et les tortues. Cependant, il a été suggéré par la suite que le crâne de tortue ressemblant à une anapside était dû à la réversion plutôt qu'à une descente anapside. La majorité des paléontologues modernes croient que les Testudines sont des descendants de reptiles diapsides ayant perdu leur fenêtre temporale. Des études phylogénétiques morphologiques plus récentes dans cet esprit ont placé les tortues fermement dans les diapsides, certaines tortues locales constituant un groupe-frère pour les archosaures existants ou, plus communément, chez les Lepidosauromorpha.
vignette|400px|Cladogramme des amniotes.
Toutes les études moléculaire ont fortement confirmé le placement des tortues chez les diapsides, et plus précisément chez les Archosauria (groupe incluant les Dinosauria) ou en faire un groupe-frère. Cependant, l'une des études moléculaires les plus récentes, publiée le 23 février 2012, suggère que les tortues sont des diapsides lépidosauromorphes, plus étroitement apparentées aux Lepidosauria, Lacerticia ou encore les Serpentes.
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vignette|400px|Cladogramme des amniotes. Les amniotes (Amniota) sont un clade de tétrapodes qui ont la particularité de disposer d'un sac amniotique, protégeant l'embryon ou le fœtus. Il y a environ d'années, les ancêtres de tous les vertébrés terrestres ont commencé à sortir de l'eau.
Les tétrapodes (Tetrapoda) forment une super-classe d'animaux vertébrés dont le squelette comporte habituellement deux paires de membres et dont la respiration est normalement pulmonaire. Les tétrapodes ont évolué à partir du clade des tétrapodomorphes qui, à leur tour, descendent des poissons à nageoires lobées apparus vers environ , durant le Dévonien moyen. Les premiers représentants du groupe-couronne des tétrapodes (d'un point de vue traditionnel basé sur l'apomorphie) sont apparus au tout début du Carbonifère, il y a environ .
Les synapsides (Synapsida) forment un groupe de tétrapodes qui inclut les mammifères et tous les représentants plus proches de ces derniers que des autres membres du clade des amniotes, comme le groupe frère des sauropsides (« reptiles » et oiseaux), avec lequel ils partagent un ancêtre commun. Ils sont caractérisés par le fait que leurs crânes possèdent une seule fosse temporale, bordée par l’os jugal, l’os postorbitaire, l’os squamosal, ainsi que l’os quadratojugal pour les plus anciens.
BackgroundIt is generally accepted that most evolutionary transformations at the phenotype level are associated either with rearrangements of genomic regulatory elements, which control the activity of gene networks, or with changes in the amino acid conten ...