Pyrophosphatevignette|Anion pyrophosphate ou PPi. Les pyrophosphates (appelés aussi « diphosphates ») sont l'anion (base conjuguée), les sels et les esters de l'acide pyrophosphorique. Les pyrophosphates sont constitués de deux molécules de phosphate condensées. Ils sont constitués autour d'une liaison P-O-P de type anhydride d'acide (formule semi-développée (O3P)–O–(PO3)4−). Les esters sont constitués autour d'une liaison de type C–O–P (formule semi-développée R–O–(PO2)–O–(PO3)3−).
Flavine adénine dinucléotideLa flavine adénine dinucléotide (FAD) est une coenzyme d'oxydo-réduction dérivant de la riboflavine (vitamine B2). Il est associé aux enzymes de la classe des oxydo-réductases auxquelles il est lié par une liaison covalente : c'est un groupement prosthétique. Ce coenzyme est notamment utilisé par les flavoprotéines du complexe II de la chaîne respiratoire mitochondriale : glycérol 3-P déshydrogénase, acylCoA déshydrogénase, succinate déshydrogénase.
Cyclic nucleotideA cyclic nucleotide (cNMP) is a single-phosphate nucleotide with a cyclic bond arrangement between the sugar and phosphate groups. Like other nucleotides, cyclic nucleotides are composed of three functional groups: a sugar, a nitrogenous base, and a single phosphate group. As can be seen in the cyclic adenosine monophosphate (cAMP) and cyclic guanosine monophosphate (cGMP) images, the 'cyclic' portion consists of two bonds between the phosphate group and the 3' and 5' hydroxyl groups of the sugar, very often a ribose.
Nucleic acid notationThe nucleic acid notation currently in use was first formalized by the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) in 1970. This universally accepted notation uses the Roman characters G, C, A, and T, to represent the four nucleotides commonly found in deoxyribonucleic acids (DNA). Given the rapidly expanding role for genetic sequencing, synthesis, and analysis in biology, some researchers have developed alternate notations to further support the analysis and manipulation of genetic data.
Aptamèrevignette|Structure d'un aptamère ARN spécifique de la biotine. L'aptamère et sa surface moléculaire sont représentés en jaune. La biotine (sphères) s'insère de manière très ajustée dans une cavité de la structure de l'ARN Un aptamère est un oligonucléotide synthétique, le plus souvent un ARN qui est capable de fixer un ligand spécifique et parfois de catalyser une réaction chimique sur ce ligand. Les aptamères sont en général des composés synthétiques, isolés in vitro à partir de banques combinatoires d'un grand nombre de composés de séquence aléatoire par une méthode de sélection itérative appelée SELEX.
PentoseLes pentoses sont des oses (monosaccharides) qui comportent 5 atomes de carbone. Ils ont tous la même formule brute . Ils possèdent tous un groupement carbonyle : soit une fonction aldéhyde en position 1 (aldopentoses) ; soit une fonction cétone en position 2 (principalement), 3, ou 4 (cétopentoses). Les aldopentoses ont 3 centres de chiralité ("atomes de carbone asymétriques"); il y a donc 4 paires d'énantiomères, diastéréoisomères entre elles, possibles. Image:DL-Ribose.svg|D et L [[ribose]] Image:DL-Arabinose.
Guanosine triphosphateLe guanosine triphosphate (GTP) est un coenzyme de transfert de groupements phosphate. Les propriétés du guanosine triphosphate et de ses dérivés, guanosine diphosphate et guanosine monophosphate, sont identiques à celles de l'adénosine triphosphate (et ses dérivés). C'est un donneur de phosphate. Il est hydrolysé par toute une série d'enzymes appelées les GTPases. Ces protéines alternent entre deux conformations : active liée au GTP et inactive liée au GDP.
ArabinoseL'arabinose, ou sucre de pectine ou sucre de gomme existe sous deux formes énantiomères gauche et droite présentes à l'état naturel (la L-arabinose étant plus fréquente à l'état naturel). L'arabinose est un des constituants des pectines et de l'hémicellulose, sa source principale étant la gomme arabique. Le L-arabinose est aussi présent dans les vins et ses teneurs varient de 260 à . L'arabinose () est un aldopentose. C'est une substance cristalline blanche, soluble dans l'eau et fondant à . Sa masse moléculaire est de .
De novo synthesisIn chemistry, de novo synthesis () refers to the synthesis of complex molecules from simple molecules such as sugars or amino acids, as opposed to recycling after partial degradation. For example, nucleotides are not needed in the diet as they can be constructed from small precursor molecules such as formate and aspartate. Methionine, on the other hand, is needed in the diet because while it can be degraded to and then regenerated from homocysteine, it cannot be synthesized de novo.
DésoxyriboseLe désoxyribose (), ou plus exactement le 2-désoxyribose, est un pentose (aldopentose) dérivé du ribose par substitution d'hydrogène en remplacement du groupement hydroxyle en position 2, ce qui implique la perte d'un oxygène. Il s'agit donc d'un désoxyose. Ce sucre intervient principalement dans la chaîne composant les hélices de l'ADN. Il en existe 3 formes différentes en solution aqueuse. On sait qu'un tel composé peut apparaître dans des conditions de naissance d'une étoile dans une nébuleuse.
