vignette|droite|upright=1.0|Mécanisme de l'autophagie. L’autophagie (du grec : , et ), autolyse ou autophagocytose, est un mécanisme physiologique, intracellulaire, de protection et de recyclage d'éléments cellulaires : les organites indésirables ou endommagés, un pathogène introduit dans la cellule, des protéines mal repliées... sont ainsi collectés et transportés vers les lysosomes pour être dégradés. Une partie du cytoplasme est ainsi recyclé par ses propres lysosomes. Ce mécanisme est aussi une source d’énergie et d’acides aminés en conditions stressantes pour la cellule, comme l’hypoxie, le manque de nutriments (jeûne) ou l’exposition à des traitements médicamenteux. Le terme autophagie regroupe plusieurs voies de dégradation lysosomale des constituants cellulaires. Ces voies diffèrent surtout par le site de séquestration du « fret » et par le type et la taille de la « cargaison » concernée. Elles sont notamment la microautophagie, l’autophagie réalisée par des protéines chaperonnes, et la macroautophagie (la forme principale). La macroautophagie, appelée couramment autophagie, est la capture dans une double membrane lipidique (appelé « autophagosome »), de protéines ou composés cellulaires, puis la dégradation de ces composés après fusion avec un lysosome. C’est la seule voie qui puisse dégrader massivement des macromolécules et des organites. C’est une voie de dégradation alternative à celle du protéasome. En permettant le renouvellement de composants cytoplasmiques endommagés, ce mécanisme est essentiel à l'homéostasie cellulaire et évite parfois l'apoptose. L'histolyse (du grec signifiant « tissu ») désigne le même processus, mais quand il est mobilisé par une métamorphose, par exemple, chez les amphibiens quand le têtard se transforme en grenouille. L'histolyse est également présente au cours du développement embryonnaire. L'autophagie est aussi nécessaire à la réussite de processus de mobilisation de cellules souches totipotente nécessaires à la régénération d'organes coupés ou endommagés.

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