Jean-Yves Empereur, né le au Mans, est un archéologue, helléniste et chercheur français. Il est spécialiste de l'archéologie sous-marine.
Jean-Yves Empereur effectue des études de lettres classiques à l'université Paris-Sorbonne (DEA, CAPES) avant de réussir l'agrégation de lettres classiques en 1975. Il poursuit ses études en soutenant, en 1977, une thèse de doctorat en archéologie sur le commerce maritime à l'époque hellénistique.
Il est nommé membre de l'École française d'Athènes en 1978 avant d'en être de 1982 à 1990 le secrétaire général. Il dirige durant cette période les chantiers de fouilles en Grèce, à Chypre et en Turquie, sur les sites de Thasos et Amathonte. Ses publications concernent notamment les timbres amphoriques.
Jean-Yves Empereur obtient en 1988 son habilitation à diriger des recherches et devient directeur de recherche au CNRS en 1990. Il fonde le Centre d'études alexandrines et dirige des fouilles archéologiques à Alexandrie.
La pression immobilière risquant de faire disparaître une grande partie de l'histoire antique de la ville, il s'attache à des fouilles terrestre en centre-ville ainsi que des fouilles sous-marines dans le bassin maritime de la baie. Son travail de fouilles et de recherches et l'exposition de ses travaux auprès des autorités permettent en 1994 de mettre fin à un projet de brise-lame bétonné qui aurait recouvert le site de l'ancien phare d'Alexandrie. Dès lors, des fouilles sous-marines plus approfondies sont entreprises. Il trouve avec son équipe de nombreux objets archéologiques : architecturaux, des colonnes, statues et une douzaine de sphinx.
Au delà de son activité archéologique, Jean-Yves Empereur, accompagne des doctorants en étant associé à l'École doctorale de l’Université de Lyon-2.
Le , l'université de Neuchâtel en Suisse lui décerne le titre de docteur honoris causa lors de la cérémonie du Dies Academicus.
Jean-Yves Empereur accède à l'éméritat en 2015 ; la direction du Centre d'études alexandrines (CEAlex) qu'il a fondé et dirigé pendant vingt-cinq ans est confiée par le Centre national de la recherche scientifique à Marie-Dominique Nenna.
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