La discrimination contre les athées est une forme d'intolérance religieuse à l'encontre des non-croyants. Elle est parfois désignée sous le nom d'athéophobie. La constitution afghane appelle au respect des conventions internationales que le pays a signées, comme la Déclaration universelle des droits de l'homme dont un article prévoit la liberté de religion. Mais elle oblige toute loi à être conforme à l'islam, dont l'interprétation traditionnelle réserve la peine de mort aux musulmans ayant renoncé à leur religion. Un non-musulman ne peut pas se marier avec une femme musulmane (Code de la famille algérien I.II.30). Les apostats sont déshérités (Code de la famille algérien III.I.138). En Arabie saoudite, l'accès aux villes saintes de La Mecque et de Médine est interdit aux athées et plus généralement à tous les non‐musulmans. Le fait pour un ancien musulman de se déclarer athée (apostasie) est passible de la peine de mort par décapitation. Selon le décret royal 44, relève du terrorisme, et est puni de trois à vingt années de prison. En Égypte, se déclarer athée peut être considéré comme une insulte à l'islam, et conduire à des arrestations. En milieu rural, ou traditionnel, il peut entraîner des crimes dits d'"honneur", l'un des membres de la famille d'une personne se déclarant athée pouvant être désigné pour assassiner la personne, pour laver l'honneur, de ce qui est vu comme une forme de honte. Au cours du procès de 1994 intitulé Board of Education of Kiryas Joel Village School District v. Grumet, la cour suprême de justice statue que . Le procès Everson v. Board of Education a d'autre part établi que . Cette clause s'applique aussi bien aux États qu'au gouvernement fédéral. Cependant, de nombreuses constitutions étatiques laissent conditionnelle la protection des personnes vis-à-vis de la discrimination religieuse, et notamment sur la question de l'existence d'une divinité, ce qui laisse les athées dépourvus de leur droit à la liberté de religion, ou plus exactement liberté d'irréligion.
Daniel Gatica-Perez, Lakmal Buddika Meegahapola