Les Monogènes (Monogenea) sont une classe de vers plats parasites.
Les monogènes sont des ectoparasites d'organismes aquatiques (principalement de poissons, chez lesquels ils vivent sur les branchies et les nageoires, et parfois la cavité buccale), avec quelques exceptions notables : on en trouve dans la vessie urinaire de certains amphibiens (Polystomatidae), et une espèce (Oculotrema hippopotami) vit sur l'œil des hippopotames.
Leur taille est comprise entre 0,5 et 6 mm, bien que certaines espèces atteignent . On estime le nombre d'espèces de monogènes à , soit environ autant que de Téléostéens qu'ils parasitent.
Les monogènes sont caractérisés par leur cycle de vie direct (œuf, larve, adulte) à un hôte unique. Certains genres, comme Gyrodactylus, s'écartent de cette tendance.
L'adulte émet des œufs qui vont se fixer sur les branchies de l'hôte, ou se disperser dans le milieu. Ces œufs éclosent assez rapidement (de l'ordre de quelques jours) pour donner des larves, ciliées, capables de chercher activement leurs hôtes. Une fois fixée (souvent à la base des branchies), la larve se métamorphose en adulte.
Les adultes tendent à se fixer sur l'extrémité des branchies, ce qui facilite l'expulsion des œufs.
thumb|Gyrodactylus longoacuminatus, parasite du carassin argenté (Carassius gibelio). Les crochets du disque de fixation à l'extrémité de l'animal sont bien visibles.
Aussi surnommés « poupées russes tueuses », les Gyrodactylus sont vivipares et pratiquent la polyembryonie, où un individu unique peut porter plusieurs générations prêtes à être relâchées dans l'environnement.
Les monogènes sont majoritairement hermaphrodites, et incapables d'auto-fécondation dans la plupart des cas. La forme des organes copulateurs (notamment chez les monoopisthocotylés) est un marqueur de spéciation couramment utilisé.
L'appareil mâle comprend un testicule (compact ou folliculaire), quoique certaines espèces en présentent plusieurs. Le canal déférent débouche dans l'organe copulateur, souvent compliqué par des sclérifications.