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Concept
Évolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel
Résumé
La méthode Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX), en français évolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel, est une méthode de sélection in vitro, à partir de banques combinatoires d'oligonucléotides synthétiques. Les oligonucléotides sélectionnés sont capables de fixer sélectivement un ligand donné, avec une affinité élevée et spécifique. Initialement mise au point avec des ARN, cette technique a ensuite été généralisée aux oligonucléotides ADN.
vignette | Schéma général du protocole de sélection in vitro. NA : Nucleic Acids initialement présentés au hasard, puis amplifiés dans un processus de sélection.
La technique SELEX nécessite une bibliothèque d'oligonucléotides dont la séquence aux extrémités 5' et 3' est connue et dont la séquence centrale est aléatoire. Cette collection d'oligonucléotides est préparée selon le même principe de synthèse d'oligonucléotide à la différence que lors des étapes d'élongation des nucléotides de la région centrale, les quatre bases sont mises à réagir au lieu de ne mettre qu'une seule base. Cette technique permet d'obtenir une collection d'oligonucléotides avec des séquences centrales différentes.
Le principe de SELEX est de sélectionner les oligonucléotides qui se lient avec la plus haute affinité sur une cible. Plusieurs techniques permettent la séparation des molécules qui ont reconnu la cible des autres : une chromatographie d'affinité en gel natif, une séparation sur membrane, ou encore à l'aide de billes magnétiques. Ensuite les oligonucléotides sont séparés de la molécule d'intérêt et sont amplifiés par clonage ou par PCR. L'étape de sélection des oligonucléotides avec une grande affinité pour la molécule cible et l'étape d'amplification sont répétées plusieurs fois afin d'obtenir des oligonucléotides ayant la plus haute affinité possible pour la cible. Les oligonucléotides sélectionnés sont appelés des aptamères. La technique SELEX fournit de bons résultats et des oligonucléotides avec une constante de dissociation très faible.
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Concepts associés (4)
Ribozyme
right|thumb|Le ribozyme en tête de marteau présent dans le génome de certains viroïdes de plantes Les ribozymes sont des ARN qui possèdent la propriété de catalyser une réaction chimique spécifique. Le terme « ribozyme » est un mot-valise formé à partir des mots « acide ribonucléique » et « enzyme ». La découverte de ces molécules dans les années 1980, indépendamment par Tom Cech et Sidney Altman, a été une grande surprise car jusqu'alors, les protéines étaient les seules macromolécules biologiques connues pour catalyser des réactions chimiques.
Évolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel
La méthode Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX), en français évolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel, est une méthode de sélection in vitro, à partir de banques combinatoires d'oligonucléotides synthétiques. Les oligonucléotides sélectionnés sont capables de fixer sélectivement un ligand donné, avec une affinité élevée et spécifique. Initialement mise au point avec des ARN, cette technique a ensuite été généralisée aux oligonucléotides ADN.
Acide ribonucléique
vignette|Structure tridimensionnelle d'un ARN régulateur (riboswitch). vignette|Structure moléculaire de l'ARN. L'acide ribonucléique ou ARN (en anglais, RNA, pour ribonucleic acid) est un acide nucléique présent chez pratiquement tous les êtres vivants, et aussi chez certains virus. L'ARN est très proche chimiquement de l'ADN et il est d'ailleurs en général synthétisé dans les cellules à partir d'un segment d'ADN matrice dont il est une copie.