Djibouti est un pays de , situé dans la Corne de l'Afrique, limitrophe de l'Éthiopie, de l'Érythrée, de la Somalie (Somaliland depuis 1991) et du Yémen.
La République de Djibouti se trouve à mi-distance de l'Équateur et du Tropique du Cancer. Sa situation, sur la côte orientale de l'Afrique, au débouché méridional de la mer Rouge, c'est-à-dire entre le canal de Suez et le golfe d'Aden, est à l'origine de son importance stratégique.
Djibouti possède une façade maritime de , allant de la mer Rouge à l'océan Indien, en passant par le détroit de Bab-el-Mandeb, cette façade s'étend du cap (ras) Douméra, au nord, au village de Loyada, au sud. Le golfe d'Aden s'enfonçant dans le continent par le biais du golfe de Tadjoura, prolongé par le Ghoubbet-el-Kharab, née d'une ouverture du rift est-africain.
Le territoire dispose d'une grande diversité de paysages : des montagnes au nord, des lacs comme le lac Assal et le lac Abbe, des zones désertiques comme les Grand et Petit Bara.
Une activité volcanique récente a modelé le paysage. Le dernier volcan en activité sur le territoire est l'Ardoukoba.
Djibouti partage 127 kilomètres (79 milles) de frontière avec l'Érythrée, 390 kilomètres (242 milles) avec l'Éthiopie et 60 kilomètres (37 milles) avec la Somalie (total 577 kilomètres ou 358 milles). Il dispose d'un emplacement stratégique sur la Corne de l'Afrique et le Bab el Mandeb, le long d'une route traversant la mer Rouge et le canal de Suez. La côte de Djibouti sert de passerelle commerciale entre la péninsule arabique et l'intérieur de la région de la Corne. Le pays est également le terminus du trafic ferroviaire en Éthiopie.
Il n'y a pas beaucoup de variations saisonnières dans le climat de Djibouti. Les conditions chaudes prévalent toute l'année avec les pluies hivernales. Les températures maximales quotidiennes moyennes varient de 32 à , sauf en haute altitude. Dans la ville de Djibouti, par exemple, les plus hauts de l'après-midi en avril vont généralement de 28 à en avril.