L'université de Leyde (en néerlandais, Universiteit Leiden) est une université néerlandaise fondée en située à Leyde. Elle est la plus ancienne université des Pays-Bas.
Au cours de l'année scolaire de 2015 à 2016, l'université compte étudiants et est classée parmi les cent meilleures du monde selon les classements THE (), QS () et ARWU (). Elle se trouve dans les dix meilleures au monde pour l'archéologie, ainsi que pour les humanités classiques et l'histoire ancienne.
Pour remercier les habitants de Leyde de leur résistance contre les Espagnols, le prince Guillaume d'Orange leur accorde le droit d'avoir une université (nom latin : Academia Lugduno-Batava), ainsi qu'une bibliothèque.
L'université de Leyde est la première université néerlandaise et ouvre officiellement le , considéré comme son dies natalis. Elle a pour premiers locaux l'ancien couvent dominicain, situé sur le canal du Rapenburg. L'observatoire de Leyde, créé en 1633, est l'un des plus anciens observatoires universitaires du monde.
À partir de 1681, sous l'impulsion du médecin huguenot Charles Drelincourt, l'université de Leyde commence à enseigner la médecine d'une nouvelle manière : les cours magistraux ne s'organiseraient plus autour des Anciens (au sens médiéval du terme), mais autour de sujets médicaux, illustrés par l'examen clinique des malades et par des autopsies.
Hermann Boerhaave développe pleinement cette pratique nouvelle, ce qui le fait regarder comme le fondateur de l'hôpital universitaire moderne et de la médecine clinique, ou plus exactement de l'enseignement médical au chevet des malades. Sa renommée lui vaut la présence de Pierre le Grand à ses cours lors de son séjour aux Pays-Bas en 1715.
En 1911, Albert Einstein fait ses débuts en tant que professeur invité à l'université de Leyde, ville qu'il nomme . Il réside alors avec sa femme chez Hendrik Lorentz.. En 1920, il est nommé professeur spécial, travaillant avec Heike Kamerlingh Onnes entre autres, ce dernier réalisant des premières mondiales dans le laboratoire de l'université.