Manuel Pinto da Costa, né le dans le district d'Água Grande à Sao Tomé-et-Principe, est un homme politique santoméen. Il exerce les fonctions de président de la République de son pays du au et entre le et le .
Par ailleurs, de 1975 à 1991 et de 1995 à 2003, il est fondateur et secrétaire général du Mouvement pour la libération de Sao Tomé-et-Principe (MLSTP), qu'il quitte par la suite.
Économiste, titulaire d'un doctorat, il participe à la mobilisation pour l'indépendance de Sao Tomé-et-Principe. Il est nommé secrétaire général du Mouvement pour la libération de Sao Tomé-et-Principe (MLSTP) en au congrès de Santa Isabel, en Guinée équatoriale. Il réalise le drapeau du parti, qui servira de base au drapeau national.
Le , le jour de l'indépendance de Sao Tomé-et-Principe, il est élu président de la République par l’Assemblée constituante, puis il est réélu le et le par l'Assemblée populaire nationale. Pendant les de régime à parti unique, il assumera ponctuellement la direction de divers ministères et, à la suite de la destitution de Miguel Trovoada, il sera aussi le chef du gouvernement.
Face aux difficultés économiques, dès 1985 il engage des réformes tant sur le plan politique qu'économique. Son pays sera le premier à organiser une conférence nationale en 1989 qui débouchera sur l'ouverture au multipartisme et à l'économie de marché.
Lorsqu’il quitte le pouvoir il laisse à son pays une nouvelle Constitution, qui garantit les droits de l’homme ainsi qu’une démocratie multipartite. Elle limite le nombre de mandats présidentiels de cinq ans à 2 consécutifs maximum. Après la victoire de Miguel Trovoada en 1991, il démissionne de la présidence et se retire de la vie politique une première fois avant de reprendre la tête du parti en 1996.
Lors de l’élection présidentielle de 1996, il est battu au second tour par Miguel Trovoada (Action démocratique indépendante, ADI) 47,26 % contre 52,74 %. Le , il est battu dès le premier tour de l’élection présidentielle par Fradique de Menezes (ADI), 55,18 %.