L'école théologique de Nisibe (actuelle ville turque de Nusaybin dans la province de Mardin) fut une des grandes écoles théologiques des premiers siècles du christianisme. Elle fut la continuatrice de l'école d'Édesse (dite aussi école des Perses) après la fermeture de celle-ci en 489. Elle occupe une place importante dans l'histoire de l'Église de l'Orient. Il exista une première école de Nisibe au . En effet, après le concile de Nicée (325), l'évêque Jacques (mort en 340) décida de fonder une école de théologie dans sa ville, pour l'instruction des clercs de l'Église de l'Orient. La ville, cependant, se trouvait à cette époque en territoire romain, depuis la conquête de la région par Galère en 298 ; en territoire perse, sous le long règne de Chapour II (309-379), les chrétiens furent violemment persécutés. L'enseignement, dans cette école, se donnait déjà en syriaque ; il se limita sans doute à la lecture commentée des textes bibliques à des fins purement liturgiques. Éphrem le Syrien (306-373), natif de la ville, fut un des professeurs. Mais en 363, après la défaite et la mort de l'empereur Julien en Mésopotamie, son successeur Jovien abandonna aux Perses les territoires conquis en 298 ; la ville de Nisibe fut vidée de ses habitants, qui se replièrent sur Édesse, restée en territoire romain. L'école fut également reconstituée à Édesse, sous la direction d'Éphrem le Syrien. Quant à Nisibe, Chapour II la repeupla de douze mille Perses non chrétiens qui furent ensuite évangélisés progressivement. La seconde école de Nisibe fut fondée par des théologiens syriens partisans de l'école théologique d'Antioche, c'est-à-dire disciples de Diodore de Tarse (330-394) et surtout de Théodore de Mopsueste (352-428), et opposés à la tendance représentée par Cyrille d'Alexandrie (376 ou 380-444). La doctrine cyrillienne ayant conquis notamment l'Égypte et la Syrie, la ville d'Édesse et son école théologique devinrent un bastion de résistance de ses adversaires sous l'épiscopat d'Ibas, évêque d'Édesse de 435 à sa mort en 457.