La paratuberculose est une entérite touchant les ruminants sauvages et domestiques, et notamment les bovins. Son agent pathogène est un complexe de mycobactéries. Il ne s'agit pas en temps normal d'une zoonose (maladie animale transmissible à l'Homme), cette maladie, peut - de manière opportuniste (tout comme le complexe des bactéries Mycobacterium abscessus) - parfois attaquer l'humain ; on désigne alors les souches en cause comme Mycobacterium avium hominissuis(MAH). Ces dernières attaquent la moelle osseuse, le foie, la rate et d'autres tissus, ce pourquoi la maladie paratuberculose (au sens large) est considérée comme une . Elle fait l'objet d'une surveillance accrue depuis qu'elle est couramment apparue comme maladie émergente opportuniste (ainsi que d'autres maladies, non-tuberculeuses, à mycobactéries, chez des humains immunodéprimés au début de l'épidémie de VIH/SIDA. Cette maladie est causée par une mycobactérie : Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis, également connu sous le nom de bacille de Johne et couramment appelée Mycobacterium paratuberculosis. Elle est très résistante dans le milieu extérieur, et des souches antibiorésistantes sont de plus en plus fréquemment trouvées dans les élevages bovins. La régulation des cellules T semble en cause dans la maladie Les mycobactéries sont présentes en nombre dans les excréments des animaux contaminés, qui ne présentent pas forcément les symptômes de la maladie. La bactérie résiste très longtemps dans le milieu extérieur minimum un an dans les bouses pouvant aller jusqu’à deux ans. Et environ, 6 mois dans les mares. C'est une maladie incurable. Elle touche les bovins mais également les caprins, ovins et d'autres ruminants. La contamination a lieu le plus souvent dans les premières semaines de vie de l'animal, voire jusqu’au 6 mois de l’animal. Mais, elle peut également se faire en fin de gestation. La contamination se fait surtout par voie orale chez les jeunes animaux, en léchant des objets souillés contenant des résidus de fèces ( bouses), lors de la tétée du colostrum ou avec le lait des mères contaminées.

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