Le système endomembranaire se compose des différentes membranes internes qui sont en suspension dans le cytoplasme d'une cellule eucaryote. Ces membranes divisent la cellule en compartiments fonctionnels et structurels appelés organites. Chez les eucaryotes, les organites du système endomembranaire comprennent : la partie externe de la membrane nucléaire, le réticulum endoplasmique, l'appareil de Golgi, les lysosomes, les vacuoles, les vésicules et des endosomes. Le système se définit plus précisément comme l'ensemble des membranes qui forment une continuité fonctionnelle, soit en étant connectées directement entre elles, soit en échangeant de la matière à travers le transport vésiculaire. À cet égard, il convient de noter que le système endomembranaire n'inclut pas les membranes des mitochondries, des peroxysomes et des chloroplastes. L'enveloppe nucléaire est constituée d'une double bicouche lipidique — une membrane interne et une membrane externe — enveloppant le noyau. Le réticulum endoplasmique est un organite de biosynthèse et de transport cellulaire qui se ramifie dans le cytoplasme des cellules des plantes et des animaux. L'appareil de Golgi est un ensemble de compartiments multiples où les molécules sont conditionnées en vue de leur livraison à d'autres composants cellulaires ou afin d'être sécrétées hors de la cellule. Une vésicule est un sac de petite taille délimité par une membrane qui emmagasine ou transporte des substances utiles à la cellule. Les vacuoles, présentes dans les cellules végétales et, par abus de langage, animales, sont impliquées dans la maintenance de la forme et de la structure de la cellule végétale ainsi que dans le stockage des déchets, tandis qu'elles sont liées aux processus d'endocytose et d'exocytose dans les cellules animales. La membrane plasmique, également appelée membrane cellulaire, est une barrière protectrice qui contrôle ce qui entre et qui sort de la cellule. Il existe également un organite spécifique aux mycètes (champignons) et appelé spitzenkörper intervenant dans la croissance de la pointe des hyphes.

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Appareil de Golgi
vignette|300px|Schéma d'un appareil de Golgi. L'appareil de Golgi est un organite des cellules eucaryotes. Il est un lieu majeur de transfert et de tri des molécules, ainsi que de synthèse des glycoprotéines et des sphingolipides. Par sa position, entre le réticulum endoplasmique et la membrane plasmique, et sa fonction, il est l'intermédiaire entre la maturation et la sécrétion des protéines élaborées dans le réticulum, il régule le transport vésiculaire et poursuit et finalise les modifications post-traductionnelles des protéines comme les glycosylations, sulfatations, phosphorylations.
Cyanobacteriota
Les Cyanobacteriota sont des bactéries photosynthétiques. Longtemps appelées Cyanobacteria, ce nom n'a jamais été officiellement validé malgré son usage très courant. Le nom validé Cyanobacteriota a été officialisé début 2023 par l'ICN et l'ICSP (International Committee on Systematics of Prokaryotes). Plus communément appelées cyanobactéries, elles forment un phylum de bactéries qui contient la classe validée des Cyanophyceae et non-validée des Candidatus Melainabacteria (le mot Candidatus signifie que ces bactéries n'ont pas été cultivées en laboratoire).
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