Simulation QM/MM: Théorie de l'ensemble de la lune bleue

Cette séance de cours porte sur l'application de la théorie de l'ensemble Blue Moon dans les simulations QM/MM, en mettant l'accent sur l'analyse des erreurs dans les forces, le rééchelonnement des masses ioniques, les contraintes d'orthonormalité, la comparaison de stabilité entre la dynamique moléculaire CP et BO, et l'importance de contrôler la température dans l'équilibre et la contre-action des erreurs numériques. L'instructeur discute des défis de l'exploration des phénomènes à longue distance et de la nécessité d'un couplage électrostatique efficace. Parmi les exemples pratiques, on peut citer la simulation de la Leucyl-tRNA synthétase et l'utilisation de la métadynamique pour l'échantillonnage des trajectoires de réaction.