Simulation QM/MM: Théorie de l'ensemble de la lune bleue

Description

Cette séance de cours porte sur l'application de la théorie de l'ensemble Blue Moon dans les simulations QM/MM, en mettant l'accent sur l'analyse des erreurs dans les forces, le rééchelonnement des masses ioniques, les contraintes d'orthonormalité, la comparaison de stabilité entre la dynamique moléculaire CP et BO, et l'importance de contrôler la température dans l'équilibre et la contre-action des erreurs numériques. L'instructeur discute des défis de l'exploration des phénomènes à longue distance et de la nécessité d'un couplage électrostatique efficace. Parmi les exemples pratiques, on peut citer la simulation de la Leucyl-tRNA synthétase et l'utilisation de la métadynamique pour l'échantillonnage des trajectoires de réaction.

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Séances de cours associées (93)

Concepts associés (223)

Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.

Électrostatique

vignette|Billes de polystyrène collées sur la fourrure d'un chat par l'électricité statique. framed|Morceaux de papier attirés par un CD chargé d'électricité statique. vignette|Foudre engendrant un éclair lumineux au-dessus d'Oradea en Roumanie. Lélectrostatique est la branche de la physique qui étudie les phénomènes créés par des charges électriques statiques pour l'observateur. Les lois obtenues peuvent se généraliser à des systèmes variables (quasi-électrostatique) pourvu que la distribution des charges puisse être considérée comme en équilibre à chaque instant.

Chimie numérique

La chimie numérique ou chimie informatique, parfois aussi chimie computationnelle, est une branche de la chimie et de la physico-chimie qui utilise les lois de la chimie théorique exploitées dans des programmes informatiques spécifiques afin de calculer structures et propriétés d'objets chimiques tels que les molécules, les solides, les agrégats atomiques (ou clusters), les surfaces, etc., en appliquant autant que possible ces programmes à des problèmes chimiques réels.

Comparison of software for molecular mechanics modeling

This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.

Mécanique moléculaire

vignette|Physique à l'échelle moléculaire La mécanique moléculaire correspond à l'utilisation de la mécanique newtonienne pour modéliser la structure des systèmes moléculaires. L'approche de la mécanique moléculaire est souvent appliquée pour améliorer des structures moléculaires ou des simulations utilisant soit la dynamique moléculaire, soit la méthode de Monte-Carlo. Typiquement, la mécanique moléculaire considère l'ensemble des interactions entre une collection d'atomes sphériques reliés entre eux par des ressorts fictifs qui représentent les liaisons chimiques.