Dynamique moléculaire sous contraintes

Cette séance de cours s'inscrit dans le développement de simulations de dynamique moléculaire sous des contraintes holonomiques, en se concentrant sur l'intégration numérique des équations cartésiennes du mouvement. Il couvre la formulation d'algorithmes, l'application aux simulations moléculaires et la comparaison avec les coordonnées généralisées. La présentation comprend des renseignements sur le contexte historique, l'impact sur les simulations de grandes molécules et la pertinence pour les calculs de dynamique moléculaire. L'instructeur discute de l'importance de la méthode SHAKE, de la mécanique statistique d'équilibre et des défis de l'échantillonnage des différents ensembles. La séance de cours explore également les contraintes par rapport à la distinction des liaisons rigides et les équations de Lagrange dans les coordonnées cartésiennes et généralisées.