On nomme mécanisme d' tout mécanisme empêchant l'hybridation de deux espèces habitant la même région, même lorsqu'elles sont étroitement apparentées. On doit à Theodosius Dobjansky une tentative de classification de ces processus. Un premier niveau distingue les mécanismes qui font barrière à l'accouplement (mécanismes précopulatoires) ou à la fécondation (mécanismes prézygotiques) de ceux qui, intervenant après la fécondation, réduisent la viabilité ou la fertilité des œufs fécondés ou des individus hybrides qui en sont issus (mécanismes postcopulatoires ou postzygotiques).
L'Effet Wallace, évoqué pour la première fois en 1889 par Alfred Russel Wallace, est l'hypothèse que si deux organismes sont avantagés dans la compétition pour la survie, ils ont tendance à se reproduire préférentiellement ensemble (ce que l'on nomme un isolement reproductif), ce qui finalement aboutit à la création d'une nouvelle espèce, les hybrides entre les descendants de ces deux organismes et les autres représentants de l’espèce étant non viables.
La spéciation allopatrique (du grec ancien ἄλλος, allos, signifiant , et πατρίς, patris, ), également appelée spéciation géographique, spéciation vicariante, ou de son nom précédent, le modèle en forme d'haltère, est un mode de spéciation qui se produit lorsque des populations biologiques de la même espèce sont isolées les unes des autres au point que cela empêche ou interfère avec le flux de gènes. Plusieurs changements géographiques peuvent se produire, tels que le mouvement des continents et la formation de montagnes, d'îles, de plans d'eau ou de glaciers.
vignette|gauche|La zone rouge indique où habitent les ours bruns. La zone bleue indique où habitent les ours polaires. La zone violette indique les lieux ou habitent les deux espèces d'ours. C'est un exemple de spéciation péripatrique parce que les ancêtres des ours polaires se sont déplacés vers une nouvelle niche écologique sur le bord de l'habitat original des ours bruns. vignette|Comparaison des spéciations allopatriques, péripatriques, parapatrique et sympatrique.
Reinforcement is a process within speciation where natural selection increases the reproductive isolation between two populations of species by reducing the production of hybrids. Evidence for speciation by reinforcement has been gathered since the 1990s, and along with data from comparative studies and laboratory experiments, has overcome many of the objections to the theory. Differences in behavior or biology that inhibit formation of hybrid zygotes are termed prezygotic isolation.