Séance de cours
Cette séance de cours porte sur les méthodes intégrales de la modélisation atomistique, axées sur la dynamique moléculaire et l'échantillonnage. L'instructeur explique comment les équations de Hamilton génèrent des trajectoires qui n'obéissent pas à l'équilibre détaillé mais remplissent les conditions nécessaires. Différents intégrateurs, tels que le Verlet à vitesse symétrique-split, sont discutés pour l'intégration discrète des étapes temporelles. La séance de cours porte également sur les erreurs de surveillance de l'intégration, la conservation de l'énergie dans le MD d'Hamilton et l'importance de contrôler les erreurs d'étapes temporelles dans les simulations de MD.