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Deniz Aydin

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Publications associées (8)

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Characterization of Coenzyme Q Biosynthesis Proteins through Integrative Modeling at the Protein-Membrane Interface

Integral and peripheral membrane proteins account for one-third of the human proteome, and they are estimated to represent the target for over 50% of modern medicinal drugs. Despite their central role in medicine, the complex, heterogeneous and dynamic nat ...

EPFL2019

An Isoprene Lipid-Binding Protein Promotes Eukaryotic Coenzyme Q Biosynthesis

Matteo Dal Peraro, Deniz Aydin

The biosynthesis of coenzyme Q presents a paradigm for how cells surmount hydrophobic barriers in lipid biology. In eukaryotes, CoQ precursors-among nature's most hydrophobic molecules-must somehow be presented to a series of enzymes peripherally associate ...

CELL PRESS2019

CLoNe: automated clustering based on local density neighborhoods for application to biomolecular structural ensembles

Matteo Dal Peraro, Giorgio Elikem Tamo, Deniz Aydin, Martina Audagnotto, Giulia Fonti, Sylvain Träger

Motivation: Proteins are intrinsically dynamic entities. Flexibility sampling methods, such as molecular dynamics or those arising from integrative modeling strategies, are now commonplace and enable the study of molecular conformational landscapes in many ...

OXFORD UNIV PRESS2021