Plasmidevignette|Schéma représentant une bactérie contenant des plasmides. En microbiologie et en biologie moléculaire, un plasmide est une molécule d'ADN distincte de l'ADN chromosomique, capable de réplication autonome et non essentielle à la survie de la cellule. Les plasmides sont bicaténaires (constitués de deux brins complémentaires) et généralement circulaires. On les trouve presque exclusivement dans les bactéries et parfois dans d'autres micro-organismes comme le plasmide 2Mu que l'on trouve dans la levure Saccharomyces cerevisiae (levure de boulangerie), un eucaryote unicellulaire.
Facteur de fertilitéLe facteur de fertilité (nommé facteur F par sa découvreuse Esther Lederberg au milieu du ; aussi nommé plasmide F, ou encore sex factor chez E. coli ou F sex factor ; ou encore plasmide-F) permet le transfert de gènes d'une bactérie portant ce facteur à une autre bactérie dépourvue du facteur par conjugaison. Ce facteur F est porté sur l'épisome F, le premier épisome découvert. Contrairement aux autres plasmides, le facteur F est constitutif des protéines de transfert en raison d'une mutation du gène finO.
Plasmide TiLe plasmide Ti (en Ti plasmid pour Tumor inducing plasmid), est un plasmide circulaire d'environ 200 Kb, et le principal déterminant de la virulence d'Agrobacterium tumefaciens, agent bactérien responsable de la maladie des végétaux dite de la galle du collet (ou crown-gall en anglais). La galle est une tumeur végétale, qui une fois formée peut continuer à se multiplier en l'absence de la bactérie pathogène. Le plasmide Ti regroupe environ 200 gènes.
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Southern blotLe Southern blot ou southern blot (également appelé transfert d'ADN ou buvardage de Southern) est une méthode de biologie moléculaire permettant l'analyse de l'ADN. Elle a été inventée en 1975 par Edwin Southern, un professeur britannique de biologie moléculaire. C'est ce nom (Southern blot) qui a, par jeu de mots, inspiré l'appellation d'autres techniques : western blot, northern blot et far-eastern blot. Nous partons des fragments d'ADN obtenus par les enzymes de restriction.
Nucleic acid hybridizationIn molecular biology, hybridization (or hybridisation) is a phenomenon in which single-stranded deoxyribonucleic acid (DNA) or ribonucleic acid (RNA) molecules anneal to complementary DNA or RNA. Though a double-stranded DNA sequence is generally stable under physiological conditions, changing these conditions in the laboratory (generally by raising the surrounding temperature) will cause the molecules to separate into single strands. These strands are complementary to each other but may also be complementary to other sequences present in their surroundings.
Inferring horizontal gene transferHorizontal or lateral gene transfer (HGT or LGT) is the transmission of portions of genomic DNA between organisms through a process decoupled from vertical inheritance. In the presence of HGT events, different fragments of the genome are the result of different evolutionary histories. This can therefore complicate investigations of the evolutionary relatedness of lineages and species. Also, as HGT can bring into genomes radically different genotypes from distant lineages, or even new genes bearing new functions, it is a major source of phenotypic innovation and a mechanism of niche adaptation.
Hybridization probeIn molecular biology, a hybridization probe (HP) is a fragment of DNA or RNA of usually 15–10000 nucleotide long which can be radioactively or fluorescently labeled. HP can be used to detect the presence of nucleotide sequences in analyzed RNA or DNA that are complementary to the sequence in the probe. The labeled probe is first denatured (by heating or under alkaline conditions such as exposure to sodium hydroxide) into single stranded DNA (ssDNA) and then hybridized to the target ssDNA (Southern blotting) or RNA (northern blotting) immobilized on a membrane or in situ.
Sélection naturellevignette|Selon les principes de la sélection naturelle de Darwin, les pinsons des Galápagos sont issus d'une espèce souche venue du continent. La sélection s'est traduite par une spécialisation de la taille de leur bec en liaison avec leur régime alimentaire (seconde édition de son la publiée en 1845). En biologie, la est l'un des mécanismes moteurs de l'évolution des espèces qui explique le succès reproductif différentiel entre des individus d'une même espèce et le succès différentiel des gènes présents dans une population.
Sélection stabilisatriceEn génétique des populations, la sélection stabilisatrice ou stabilisante (à ne pas confondre avec la sélection négative ou purificatrice) est un mode de sélection naturelle dans laquelle la moyenne de la population se stabilise sur une valeur de trait non extrême particulière. On pense que c'est le mécanisme d'action le plus courant pour la sélection naturelle car la plupart des traits ne semblent pas changer radicalement au cours du temps.
