Publication

MQN-Mapplet: Visualization of Chemical Space with Interactive Maps of Drug Bank, ChEMBL, Pub Chem, GDB-11, and GDB-13

Concepts associés (32)

Graph Chatbot

Chattez avec Graph Search

Posez n’importe quelle question sur les cours, conférences, exercices, recherches, actualités, etc. de l’EPFL ou essayez les exemples de questions ci-dessous.

AVERTISSEMENT : Le chatbot Graph n'est pas programmé pour fournir des réponses explicites ou catégoriques à vos questions. Il transforme plutôt vos questions en demandes API qui sont distribuées aux différents services informatiques officiellement administrés par l'EPFL. Son but est uniquement de collecter et de recommander des références pertinentes à des contenus que vous pouvez explorer pour vous aider à répondre à vos questions.

Connectez-vous pour utiliser Chat avec Graph Search

Chemical space

Chemical space is a concept in cheminformatics referring to the property space spanned by all possible molecules and chemical compounds adhering to a given set of construction principles and boundary conditions. It contains millions of compounds which are readily accessible and available to researchers. It is a library used in the method of molecular docking. A chemical space often referred to in cheminformatics is that of potential pharmacologically active molecules. Its size is estimated to be in the order of 1060 molecules.

Biological activity

In pharmacology, biological activity or pharmacological activity describes the beneficial or adverse effects of a drug on living matter. When a drug is a complex chemical mixture, this activity is exerted by the substance's active ingredient or pharmacophore but can be modified by the other constituents. Among the various properties of chemical compounds, pharmacological/biological activity plays a crucial role since it suggests uses of the compounds in the medical applications.

Java (technique)

Java est une technique informatique développée initialement par Sun Microsystems puis acquise par Oracle à la suite du rachat de l'entreprise. Défini à l'origine comme un langage de programmation, Java a évolué pour devenir un ensemble cohérent d'éléments techniques et non techniques.

Petite molécule

En biochimie, une petite molécule est un composé organique de faible masse moléculaire qui par définition n'est pas un polymère. En pharmacologie, ce terme est restreint aux molécules qui ont une forte affinité pour des biopolymères tels que des protéines, les acides nucléiques ou les polysaccharides et modifient leur fonction ou leur activité biologique en se liant à eux. On fixe à environ la borne supérieure de la masse d'une petite molécule, ce qui correspond à la limite en dessous de laquelle les molécules peuvent diffuser à travers la membrane cellulaire pour atteindre leur cible à l'intérieur de la cellule.

Java SE

Java Platform, Standard Edition, ou Java SE (anciennement Java 2 Platform, Standard Edition, ou J2SE), est une spécification de la plateforme Java d'Oracle, destinée typiquement aux applications pour poste de travail. La plateforme est composée, outre les API de base : des API spécialisées dans le poste client (JFC et donc Swing, AWT et Java2D) ; des API d'usage général comme JAXP (pour le parsing XML) ; de JDBC (pour la gestion des bases de données).

Drug discovery

In the fields of medicine, biotechnology and pharmacology, drug discovery is the process by which new candidate medications are discovered. Historically, drugs were discovered by identifying the active ingredient from traditional remedies or by serendipitous discovery, as with penicillin. More recently, chemical libraries of synthetic small molecules, natural products or extracts were screened in intact cells or whole organisms to identify substances that had a desirable therapeutic effect in a process known as classical pharmacology.

Java Web Start

Java Web Start (JWS) est un outil informatique de déploiement de logiciels fondés sur la technique Java, intégré au JRE depuis sa version 5 et supprimé par Oracle depuis la version 11 du JRE. La technique Java Web Start est construite sur la plate-forme Java 2, ce qui assure une architecture étendue de sécurité. Par défaut, les applications lancées avec Java Web Start s'exécutent dans un environnement réservé (« bac à sable ») à partir duquel l'accès aux fichiers et au réseau est limité.

Machine virtuelle Java

vignette|Machine virtuelle Java - Spécification Java 7 La machine virtuelle Java (en anglais Java virtual machine, abr. JVM) est un appareil informatique fictif qui exécute des programmes compilés sous forme de bytecode Java. L'appareil est simulé par un logiciel spécifique à chaque plateforme ou couple (machine/système d’exploitation) et permet aux applications Java compilées en bytecode de produire les mêmes résultats quelle que soit la plate-forme, tant que celle-ci est pourvue de la machine virtuelle Java adéquate.

Structure–activity relationship

The structure–activity relationship (SAR) is the relationship between the chemical structure of a molecule and its biological activity. This idea was first presented by Crum-Brown and Fraser in 1865. The analysis of SAR enables the determination of the chemical group responsible for evoking a target biological effect in the organism. This allows modification of the effect or the potency of a bioactive compound (typically a drug) by changing its chemical structure.

Macromolécule

Une macromolécule (ou molécule polymère) est une très grande molécule, qui possède une masse moléculaire relativement élevée. La notion de macromolécule a été introduite en 1922 par le chimiste allemand Hermann Staudinger. Une macromolécule formée d'unités chimiques similaires assemblées par des liaisons covalentes peut être décrite comme une molécule polymère, un ensemble de telles molécules est un polymère. De nombreuses protéines peuvent également être considérées comme des macromolécules.