Épuration des eauxthumb|Station d'épuration des eaux à Aguas Corrientes, en Uruguay. L’épuration des eaux est un ensemble de techniques qui consistent à purifier l'eau soit pour réutiliser ou recycler les eaux usées dans le milieu naturel, soit pour transformer les eaux naturelles en eau potable. La fin du marque l'essor des réseaux d'égouttage et d'assainissement en France (courant hygiéniste, rénovation de Paris du baron Haussman). Il s'agit d'éloigner les eaux usées des habitations et des lieux de vie.
Nitrificationthumb|350px|Diagramme montrant le cycle de l'azote. La nitrification est le processus biologique par lequel les nitrates sont produits dans l'environnement. Celle-ci se fait en deux étapes distinctes, chacune sous l'action de micro-organismes différents. Étape 1 : l'ammoniaque est oxydé en nitrite, c'est la nitrosation (réaction par des bactéries du genre Nitrosomonas, , ), appelée également nitritation. Étape 2 : le nitrite est oxydé en nitrate, c'est la nitratation (réaction par des bactéries du genre Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira).
Secondary treatmentSecondary treatment (mostly biological wastewater treatment) is the removal of biodegradable organic matter (in solution or suspension) from sewage or similar kinds of wastewater. The aim is to achieve a certain degree of effluent quality in a sewage treatment plant suitable for the intended disposal or reuse option. A "primary treatment" step often precedes secondary treatment, whereby physical phase separation is used to remove settleable solids.
Boue activéeLe procédé dit « à boues activées » utilise l'épuration biologique dans le traitement des eaux usées. C'est un mode d’épuration par cultures libres. Dans une filière de traitement des eaux (i.e. les différentes phases d'épuration pour une station donnée), le procédé à boues activées fait partie des traitements secondaires. Ce procédé provient de l'étude réalisée à Manchester par Arden et Lockett. Ils mettront au point la technique d'abord dans un seul bassin, puis par la suite l'amélioreront par l'ajout d'autres bassins et étapes.
Lagunagevignette|upright=1.5|Schémas de lagunage naturel. vignette|upright=1.5|Le lagunage peut aussi être linéaire et avoir vocation de corridor biologique (utilisant un fossé ou ici une berge de canal, en bordure de la Deûle, en aval de Lille). Réalisation : VNF (photo de 2004). vignette|upright=1.5|Des berges lagunées ont été créées (2010) par VNF (Voies navigables de France), en guise de mesure compensatoire à la mise à grand gabarit de l'Escaut dans le nord de la France. vignette|upright=1.
Nitrifying bacteriaNitrifying bacteria are chemolithotrophic organisms that include species of genera such as Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrobacter, Nitrospina, Nitrospira and Nitrococcus. These bacteria get their energy from the oxidation of inorganic nitrogen compounds. Types include ammonia-oxidizing bacteria (AOB) and nitrite-oxidizing bacteria (NOB).
ComammoxComammox (COMplete AMMonia OXidation) is the name attributed to an organism that can convert ammonia into nitrite and then into nitrate through the process of nitrification. Nitrification has traditionally thought to be a two-step process, where ammonia-oxidizing bacteria and archaea oxidize ammonia to nitrite and then nitrite-oxidizing bacteria convert to nitrate. Complete conversion of ammonia into nitrate by a single microorganism was first predicted in 2006.
Assainissement écologiquevignette|JANICKI OMNI PROCESSOR, prise au siège de Janicki Bioenergy à Sedro-Woolley, WA, avec l'aimable autorisation de Janicki Bioenergy L'assainissement écologique (souvent appelé EcoSan, abréviation de l'anglais Ecological Sanitation) désigne de façon générale tout mode d’assainissement basé sur la dissociation des flux d'eaux ménagères et des excreta et la valorisation de l'urine et des matières fécales par des toilettes sèches. Ce sont des alternatives aux méthodes classiques d'assainissements, tant collectifs qu'individuels (fosse septique, microstation d'épuration.
Cycle des nutrimentsvignette|Nutrient-cycle Le cycle des nutriments (ou recyclage écologique) est le processus par lequel les composés organiques et inorganiques sont réutilisés dans un nouveau but de production de la matière. A l'inverse, l'énergie est utilisée dans un but de consommation sans jamais revenir à son état de départ. On ne peut pas parler de cycle de l'énergie, contrairement au cycle des nutriments minéraux.
BactériophageLes bactériophages, ou phages (mot formé des éléments bactério-, « bactérie », et -phage, « qui mange »), ou, plus rarement, virus bactériens, sont des virus qui n'infectent que des bactéries. Ils sont présents dans toute la biosphère. Ils sont particulièrement abondants dans les milieux riches en bactéries, et donc notamment dans les excréments, le sol et les eaux d'égout. Dans un millilitre d'eau de mer, on compte près de 50 millions de bactériophages. Le support de l'information génétique (génome) des bactériophages peut être un ADN ou un ARN.