Modélisation de protéines par enfilageLa modélisation d'une protéine par enfilage ou modélisation par reconnaissance des repliements est une technique utilisée pour modéliser des protéines dont on souhaite qu'elles présentent les mêmes coudes que des structures de protéines connues, mais qui ne possèdent pas de protéines homologues recensées dans la banque de données sur les protéines (PDB). Elle s'oppose donc à la méthode de prédiction de structure basée sur la modélisation par homologie.
Bioinformatique structuralevignette|262x262px| Structure tridimensionnelle d'une protéine La bioinformatique structurale est la branche de la bio-informatique liée à l'analyse et à la prédiction de la structure tridimensionnelle des macromolécules biologiques telles que les protéines, l'ARN et l'ADN. Elle traite des généralisations sur les structures tridimensionnelles des macromolécules, telles que les comparaisons des repliements globaux et des motifs locaux, les principes du repliement moléculaire, l'évolution, les interactions de liaison et les relations structure/fonction, en travaillant à la fois à partir de structures résolues expérimentalement et de modèles informatiques.
Structural alignmentStructural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions.
MetamorphopsiaMetamorphopsia (from μεταμορφοψία, metamorphopsia) is a type of distorted vision in which a grid of straight lines appears wavy and parts of the grid may appear blank. People can first notice they suffer with the condition when looking at mini-blinds in their home. For example, straight lines might be wavy or bendy. Things may appear closer or further than they are. Initially characterized in the 1800s, metamorphopsia was described as one of the primary and most notable indications of myopic and senile maculopathies.
Récepteur NMDAthumb|Représentation schématique d'un récepteur NMDA activé. Le glutamate et la glycine occupent leurs sites de liaison. S'il était occupé, le site allostérique causerait l'inactivation du récepteur. Les récepteurs NMDA requièrent la liaison de deux molécules de glutamate ou d'aspartate et deux de glycine. thumb|Structure de la molécule de NMDA. Les récepteurs NMDA (récepteur au N-méthyl-D-aspartate) sont des récepteurs ionotropes activés dans des conditions physiologiques par le glutamate et la glycine qui sont essentiels à la mémoire et à la plasticité synaptique.
Récepteur nucléaire des oxystérolsLes récepteurs des oxystérols ou liver X receptors LXRβ et LXRα, sont des protéines de la superfamille des récepteurs nucléaires liant naturellement les oxystérols et régulant le métabolisme du cholestérol et des lipides dans l'organisme ainsi que la réponse inflammatoire au niveau des macrophages. Leur rôle dans le développement de l'athérosclérose a été directement démontré. Il existe deux isoformes des récepteurs LXR, qui sont le LXRα et LXRβ, présentant 80 % d’homologie entre elles.
Protein function predictionProtein function prediction methods are techniques that bioinformatics researchers use to assign biological or biochemical roles to proteins. These proteins are usually ones that are poorly studied or predicted based on genomic sequence data. These predictions are often driven by data-intensive computational procedures. Information may come from nucleic acid sequence homology, gene expression profiles, protein domain structures, text mining of publications, phylogenetic profiles, phenotypic profiles, and protein-protein interaction.
Récepteur des hormones thyroïdiennesLes récepteurs des hormones thyroïdes (TR) sont des protéines de la superfamille des récepteurs cytoplasmique liant naturellement les hormones thyroïdiennes. Il existe deux sous-groupes d'isoformes : Récepteur des hormones thyroïdiennes de type α, (TRα; NR1A1) : TR-α1 (largement exprimé dans les différents organes et particulièrement dans le cœur et les muscles squelettiques) TR-α2 (homologue du récepteur viral c-erb-A, relativement ubiquitaire mais ne liant pas l'hormone) Récepteur des hormones thyroïdiennes de type β, (TRβ; NR1A2) : TR-β1 (exprimé essentiellement dans le cerveau, le foie et les reins) TR-β2 (expression dans l'hypothalamus et l'hypophyse) Les récepteurs des hormones thyroïdiennes sont principalement impliqués dans la régulation du métabolisme et du rythme cardiaque.
Récepteur des glucocorticoïdesLe récepteur des glucocorticoïdes (GR) est une protéine de la superfamille des récepteurs nucléaires, famille des récepteurs des stéroïdes, liant naturellement le cortisol, qui est la principale hormone glucocorticoïde dans l'organisme. Les exons codent une protéine chez l'homme de 778 acides aminés d'une masse moléculaire de 90 kDa. Le récepteur des glucocorticoïdes, comme tous les récepteurs des stéroïdes, est composé de six domaines fonctionnels : Les domaines A et B (ou domaines N-terminaux), qui ont un rôle dans l'initialisation et la régulation de la transcription des gènes cibles.
Récepteur (biochimie)En biochimie, un récepteur est une protéine de la membrane cellulaire ou du cytoplasme ou du noyau cellulaire qui se lie spécifiquement à un facteur spécifique (un ligand, tels un neurotransmetteur, une hormone, une molécule médicamenteuse, une toxine, un ion calcium, ou une protéine spécifique de la membrane d'un virus...), induisant une réponse cellulaire à ce ligand. Les modifications du comportement du récepteur protéique induites par le ligand conduisent à des modifications physiologiques qui constituent les « effets biologiques » du ligand.
