Variant Omicron du SARS-CoV-2vignette|Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image). Le variant Omicron () du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.529 (synonyme BA.1) selon les lignées Pango, du clade GISAID GR/484A, est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le au Botswana. Le , il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS).
GénomiqueLa génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du génome, au lieu de se limiter à l'échelle d'un seul gène. La génomique se divise en deux branches : La génomique structurale, qui se charge du séquençage du génome entier ; La génomique fonctionnelle, qui vise à déterminer la fonction et l'expression des gènes séquencés en caractérisant le transcriptome et le protéome. La génomique est l'équivalent de la métabolomique pour les métabolites.
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
Clinical metagenomic sequencingClinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is the comprehensive analysis of microbial and host genetic material (DNA or RNA) in clinical samples from patients by next-generation sequencing. It uses the techniques of metagenomics to identify and characterize the genome of bacteria, fungi, parasites, and viruses without the need for a prior knowledge of a specific pathogen directly from clinical specimens.
SARS-CoV-2Le SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome ), soit du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine). Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive du groupe de la classification Baltimore. C'est une souche nouvelle de l'espèce SARSr-CoV, dans le genre betacoronavirus qui regroupe entre autres les SARS-CoV-1 et MERS-CoV.
Exome sequencingExome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.
Séquençage shotgunEn génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu.
Vieillissement démographiquethumb|350px|Évaluation de la part des plus de 65 ans dans la population mondiale. Le vieillissement démographique est la situation dans laquelle se trouve une société dont l'âge moyen ou le pourcentage de personnes âgées dans la population croît. On associe souvent à tort le phénomène du «vieillissement» uniquement aux pays développés à faible fécondité, mais presque tous les pays sont affectés, car il suffit d'un allongement de l'espérance de vie ou d'une diminution de la fécondité pour qu'il y ait vieillissement démographique.
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
