Domaine (biologie)

En classifications biologiques, le domaine (néolatinisé en dominium) est le premier niveau de rang, au-dessus des règnes. Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés monophylétiques. Bien que pratique, le modèle à trois domaines est critiquable puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas monophylétique. Par ailleurs, certains taxonomistes lui préfèrent, au nom de l'antériorité, le terme vieilli d'empire. vignette|Une illustration plus réaliste des liens entre les 3 domaines avec les transferts horizontaux de gènes, les endosymbioses et l'embranchement des Eukaryota chez des Archaea paraphylétiques. La classification de Carl Woese (1977, 1990) distingue trois domaines présumés monophylétiques : le domaine Bacteria (ou Eubacteria) ; le domaine Archaea (ou Archaebacteria) ; et le domaine Eukaryota (ou Eucarya). Ces taxons, s'ils possèdent un héritage génétique commun (les gènes impliqués dans le métabolisme général des cellules eucaryotes sont d’origine bactérienne, tandis que ceux liés aux processus de réplication et de réparation de l'ADN ainsi que de la traduction génétique sont d'origine archéenne), comportent en effet des différences fondamentales dans leurs génomes ou leur morphologie. Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes. D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels : modèle à deux empires : Procaryotes (ou Monères) et Eucaryotes. modèle à six règnes : Archaebacteria ou Archaea, Eubacteria ou Bacteria, Protista, Fungi, Animalia et Plantae. vignette|Modèle des trois domaines et (modèle des deux domaines). Le modèle à trois domaines permet une vision synthétique dans une optique évolutionniste mais ne correspond pas exactement à la phylogénie du vivant. Pour les systématiciens phylogénétiques, le modèle à trois domaines est mis en défaut s'il se confirme que les eucaryotes émergent parmi les archées d'Asgård.